Вспыхнувшая война застала крепость в плачевном состоянии. Приморский фронт был почти закончен, но на сухопутном фронте, из предполагавшихся к постройке шести фортов, был закончен лишь форт № 4. Форты №№ 1, 2 и 3 были закончены вчерне; только что был начат постройкой форт № 5, а форт № б и вовсе не начинался.
В гарнизоне Порт–Артура находилось 9 стрелковых полков (трехбаталионного состава), 3 запасных баталиона, 10 полевых батарей, крепостная артиллерия, саперный батальон и сотня казаков. Всего, считая моряков и дружинников, около 50 тысяч человек.
Начальником Квантунского укрепленного района был назначен генерал–лейтенант Стессель, а комендантом крепости генерал–лейтенант Смирнов. Этим создавалось в Порт–Артуре двоевластие, вредно отозвавшееся на деле обороны крепости.
Японцы высадили 3 дивизии у Бицзыво и, захватив железную дорогу на участке между станциями Вафандян–Пуландьян, прервали связь крепости с Маньчжурской армией.
13 мая японцы атаковали Цзиньчжоуский укрепленный перешеек (около трех верст шириною), обороняемый 5–м Восточно–Сибирским полком (одиннадцать рот. Одна рота была на охране Российского императорского посольства в Пекине).
В течение 13 мая 5–й полк отбивал атаки японцев. К вечеру, под влиянием флангового огня японских канонерок, 5–й полк, потеряв половину своего состава, принужден был отойти. Для противодействия дальнейшему наступлению японцев к Порт–Артуру войска наши заняли так называемую передовую горную позицию, которая, после боев 13 и 14 июля, вследствие прорыва японцев на правом фланге, была 15 июля нами очищена. Наши войска в полном порядке отошли на Волчьи Горы, которые в бою 17 июля были заняты японцами.
Заняв Волчьи Горы, японцы тотчас же приступили к возведению осадных батарей. Утром 25 июля, когда на городской площади служили молебствие, началась бомбардировка города, укреплений и гавани, с этого дня уже не прекращавшаяся до конца осады.
К 3 августа японцы овладели на правом фланге крепости командующими высотами Дагушань и Сяогушань, а на левом фланге предгорьями Угловой Горы.
Японцы не сомневались в успехе штурма открытой силой. Ген. Ноги объявил иностранным корреспондентам, что в ближайшие дни они будут свидетелями падения крепости и приглашал их на это зрелище.
С утра 6 августа японская артиллерия открыла сильнейший огонь по всему фронту крепости. После двухдневной артиллерийской подготовки штурма японская пехота перешла в наступление, ведя главный удар на Восточный фронт. К утру 11 августа штурм был отбит, однако, в руках японцев остались редуты №№ 1 и 2 на восточном фронте и Угловая Гора на западном фронте.
Потерпев неудачу при попытке овладеть крепостью открытой силой, японцам пришлось обратиться к постепенной атаке, т. е. приближаться к фортам и укреплениям при помощи траншей и окопов.
6–го сентября японцы атаковали Высокую Гору на западном фронте и Кумирненские и Водопроводный редуты на Северном фронте. Редуты японцы заняли, но их атаки на Высокую Гору были отбиты.
С 18 сентября японцы начали бомбардировать Порт–Артур 11–дюймовыми бомбами, которые легко разрушали все закрытия и даже бетонные казематы, своды коих были рассчитаны на сопротивление лишь 6–дюймовым снарядам.
17–го октября японцы вновь предприняли штурм Восточного фронта на участке от батареи литера «Б» до укрепления № 3. Штурм был отбит, но японцы удержались на гласисах атакованных фортов.
К 13–му ноября японцы уже были полными хозяевами во рвах фортов № 2 и 3 и укрепления № 3. В промежутках между этими фортами японцы подошли своими окопами на 60 шагов к Китайской стенке и на 45 шагов к батарее литера «Б» и к Куропаткинскому люнету. С утра 13–го ноября японская осадная артиллерия открыла адский огонь и ровно в 12 часов дня японская пехота бросилась на штурм названных укреплений Восточного фронта. Все неоднократные атаки японцев к вечеру были отбиты. Ночная японская атака Курганной батареи 13 ноября также была отбита.
В третий раз потерпев неудачу на Восточном фронте, японцы вновь направили свои усилия против Высокой Горы (201 метр высотой) на Западном фронте. В течение 9 дней с 14 по 22 ноября японцы вели яростные атаки на Высокую Гору, на которой имелись лишь окопы и укрепления полевого типа, и непрерывно долбили ее снарядами всех калибров. Одних 11–дюймовых бомб они выпустили за это время более 4 тысяч. За истощением наших пехотных и морских резервов, для обороны Высокой Горы были использованы нестроевые и даже госпитальные команды.