В 1881 году семья Анненских поселилась в Казани. Царские власти разрешили Николаю Федоровичу после ссылки в сибирский городок Тару жить в любом российском городе, за исключением столиц. В Казани Николаю Федоровичу предложили возглавить статистическое обследование губернии. Итогом этой огромной работы была публикация нескольких фолиантов с подробной картиной экономической жизни каждого уезда Казанской губернии. Не удивительно, что после обследования Казанской губернии Николая Федоровича пригласили организовать такое же в губернии Нижегородской. Переезд в Нижний Новгород тем более привлекал его, что там после отбытия якутской ссылки решил поселиться В. Г. Короленко. Семьи Анненских и Короленок связывала близкая дружба. К слову сказать, Владимир Галактионович называл себя «содядюшкой» Тани, горячо любившей и своих приемных родителей, и своего «содядюшку».
В 1895 году состоялся переезд семьи Анненских в Петербург. Николай Федорович принял приглашение Н. К. Михайловского войти в состав редакции журнала «Русское богатство». Редактировать журнал пригласили и В. Г. Короленко. Многие годы Николай Федорович вел в журнале колонку внутреннего обозрения. Совместная работа еще теснее сблизила Анненского и Короленко. Иногда статьи, написанные совместно, они публиковали в «Русском богатстве» за подписью «Оба».
Активное участие в общественной деятельности было одной из самых важных сторон жизни Анненского. Осенью 1905 года Николай Федорович вошел в состав правления Союза Союзов, организации, объединявшей и направлявшей деятельность многочисленных профессиональных союзов — от прачек до чиновников государственных учреждений. Профсоюзы эти возникли в Санкт-Петербурге после событий 9 января 1905 года. Правление Союза Союзов часто заседало на квартире Николая Федоровича. Решения Союза Союзов ежедневно доводились до всей массы членов профсоюзов через их представителей. На решение объявить всеобщую забастовку в Петербурге ответом стало издание Царского Манифеста от 17 октября 1905 года, объявляющее о новой российской конституции, созыве в начале 1906 года первой Государственной Думы, избираемой всеобщим, равным и тайным голосованием, о немедленном введении свободы совести, печати, слова и союзов.
Ликование народа было всеобщим.
Но что последовало за этим народным торжеством?
Все четыре Государственных Думы были царем разогнаны. С разрешения царского правительства повсеместно организовались отделения «Союза русского народа» — «черной сотни». По России прокатилась мощная волна еврейских погромов, начались убийства из-за угла людей, заподозренных в революционном образе мысли. Нарушения конституции происходили постоянно. Можно представить, какое впечатление на Николая Федоровича производила цепь этих трагических событий. Наверное, тогда и начала развиваться сердечная болезнь, сведшая его, в конце концов, в могилу.
Нельзя не сказать об отношении Н. Ф. Анненского к политике. Политической жизнью он увлекся буквально с момента поступления в университет. Недовольство существующим порядком проявлялось тогда во всех слоях общества. Приведу здесь слова А. Н. Анненской: «Николай не принадлежал к числу революционеров в тесном значении этого слова. Он был одним из представителей той революционно настроенной среды, без существования которой едва ли возможна деятельность настоящих революционеров. Он не принимал ни непосредственного, ни косвенного участия ни в одном террористическом акте, но он не мог отказать себе в уважении к самоотверженным виновникам этих актов, не мог не признавать их героического мужества, их беззаветной преданности делу и употреблял все усилия, чтобы спасти их от трагических последствий сделанного ими». Таким было тогда отношение к терроризму в России, в среде самой просвещенной, гуманной и либеральной.