Довольно оригинальным был отзыв Николая Федоровича на политическую ситуацию в пореформенной России. Вместе с философом В. В. Лесевичем он в 1872 году создал нелегальную, но не имеющую никакого отношения к политике, организацию — «Общество трезвых философов». Молодые люди собирались поочередно друг у друга и читали подготовленные ими статьи для различных журналов или специально написанные рефераты на философские, экономические или политические темы. Этот кружок был очень популярен в среде студенческой молодежи. Интересно, что В. Г. Короленко познакомился с Николаем Федоровичем именно на таком собрании. После неудачного покушения на Александра II, совершенного А. К. Соловьевым 2 апреля 1879 года, волна арестов прокатилась по всей России. Она накрыла и «трезвых философов». При обыске у Николая Федоровича нашли фотографии участников международного конгресса статистиков в Будапеште с надписью «internacionale». На фото был и Николай Федорович. Чиновники Третьего отделения слово «internacionale» восприняли по-своему. Анненский был водворен в дом предварительного заключения, состоялся суд, закончившийся характерным для того времени постановлением: «ожидать поступков». А 28 февраля 1880 года Анненского выслали в Западную Сибирь — в Тару. Ни следствия по делу, ни постановления суда. Все решилось росчерком пера «либерала», министра внутренних дел Лорис-Меликова, посчитавшего, с одобрения царя, что пора уже выслать из двух столиц всех «неблагонадежных».
За участие в мирной манифестации студентов у Казанского собора в 1901 году Николая Федоровича выслали на дачу в поселке Куоккала. На манифестации Николая Федоровича жестоко избили конные городовые. Литературное общество Петербурга выступило в защиту Николая Федоровича с так называемым «Протестом сорока четырех», но это Анненскому не помогло.
И через три года уже пожилого и больного Николая Федоровича Третье отделение не обошло вниманием. В 1904 году по личному приказу министра внутренних дел Плеве его выслали в Ревель (Таллин). На этот раз причина была вовсе смехотворная: «за непроизнесение речи на могиле Н. К. Михайловского». Редактор «Русского богатства» в 1904 году внезапно умер. Николай Федорович был так потрясен смертью близкого ему человека, что слег в постель с сильнейшим сердечным приступом. Естественно, на похоронах редактора «Русского богатства» он не смог быть, шпики, присутствовавшие на погребении, спутали Анненского с другим сотрудником «Русского Богатства» В. И. Семевским, действительно выступавшим на похоронах. Показания свидетелей не помогли. Только в июле 1904 года, когда Плеве был убит террористом Сазоновым, новый министр внутренних дел П. Святополк-Мирский позволил Анненскому вернуться в Петербург.
Умер Николай Федорович летом 1912 года. Анненские только что вернулись из санатория для сердечных больных в Нейгайме (Германия). Они поселились на даче в Куоккале вместе с Т. А. Богданович и приехавшим из Полтавы повидаться с друзьями В. Г. Короленко. Веселый, оживленный Николай Федорович после вечернего чая, напевая песенку «Солдатушки, бравы ребятушки», ушел в спальню. А утром его нашли мертвым. Он умер во сне.
Наконец, несколько слов о приемной дочери супругов Анненских — Тане Криль, будущей писательнице Татьяне Александровне Богданович.
Тане было три года, когда она появилась в семье Анненских. Ее жизнь под крылом беззаветно любящих родителей была устроена так, как и должна устраиваться жизнь ребенка, не имеющего материальных лишений. Но с самого раннего детства ее воспитывали на идеалах добра, справедливости, гуманного отношения ко всем малым мира сего. После окончания гимназии Таня поступила на историческое отделение Высших женских Бестужевских курсов в Петербурге. Первые ее публикации в печати появились в 1896 году. Татьяна Александровна изучала историю, поэтому большинство ее статей и книг посвящено вопросам истории и политике. Как увлекательная проза читаются ее очерки «Великая французская революция», «Очерки европейских реакций», «Наполеон — герой буржуазии». Особый интерес вызвала ее книга «Любовь людей шестидесятых годов», в которой Татьяна Александровна поведала о любовных отношениях со своими женами Н. Г. Чернышевского, H. В. Шелгунова, И. М. Сеченова и П. И. Бокова. В 30-х годах прошлого века по совету С. Я. Маршака Татьяна Александровна написала несколько исторических книжек для детей: «Ученик наборного художества», «Соль Вычегодская», «Горный завод Петра третьего», «Холоп-ополченец». Книжки пользовались популярностью. К сожалению, они не переиздавались уже давно.