В условиях, когда ручной труд являлся основным, многое зависело от организации работы масс заключенных. На Беломорстрое сформировалось два основных вида производственных объединений: бригады и фаланги. Бригадой называлось объединение, состоявшее из 25—30 человек и специализирующееся на выполнении определенного вида работ (землекопы, арматурщики, тачечники и др.). Фаланга состояла из 250—300 человек и выполняла полный комплекс работ на закрепленном за ней участке. Оба эти типа объединений существовали параллельно.
Важную рель играло стимулирование заключенных на выполнение и перевыполнение норм выработки (на земляных работах эта норма составляла 2,5 кубометра в день). Помимо моральных стимулов (вручение бригаде или фаланге почетного знамени, благодарности и грамоты, помещение имен отличившихся на доску почета) применялись и материальные стимулы. Выполнявшие и перевыполнявшие нормы получали усиленный хлебный паек (до 1200 г), премблюдо (обычно 75-граммовые пирожки с капустой или картофелем), денежное вознаграждение. Но самым желанным стимулом был зачет рабочих дней Перевыполняющие нормы выработки могли рассчитывать на зачет трех рабочих дней за 5 дней срока, а для ударников зачет составлял «день за два». В то же время в случае нарушения дисциплины либо фальсификации производственных показателей применялись наказания в виде урезания пайка, помещения в роту усиленного режима, отмены зачетов, предания суду.
К началу 1933 г. большинство сооружений канала было закончено, но образовались и т.н. «прорывы», прежде всего на «водораздельных» каналах между Водлозером и Маткозером. В случае неготовности этих участков весенний паводок на зарегулированных озерах грозил прорывом плотин и разрушением сооружений. Для ускоренного завершения работы над каналом 7 января 1933 г. был объявлен штурм Водораздела, на который были брошены фаланги со всех отделений строительства. Чтобы подчеркнуть важность выполняемой работы, руководство ОГПУ пошло на известную милитаризацию стройки. В марте 1933 г. был издан приказ о переименовании Управления строительством в Главный штаб и отделений — в боеучастки, о введении трехсменной работы на трассе и об ужесточении ответственности за невыполнение планов и срыв темпов работ.
Штурм Водораздела продолжался до начала весеннего паводка, а 23 апреля 1933 г. по водораздельному 165-му участку Беломорско-Балтийского канала была пущена вода. Это был первый пущенный в действие участок трассы. Вслед за этим, с продвижением ледохода и паводка на север, подобные штурмы проводились на Тунгудинском и Шижненском участках, которые сразу же открывались для воды.
Двадцать восьмого мая 1933 г. по каналу начал движение первый караван судов. Караван сопровождался землечерпалками, доводившими глубину на фарватере до проектных 12 футов.
Беломорско-Балтийский канал был построен. Он обошелся в 101 316 тыс. рублей, из которых 17 316 тыс. рублей было покрыто за счет выполнения Беломорстроем работ по договорам с другими организациями. Строители полностью уложились в проектную смету. Постановлением ЦК ВКП(б) от 2 августа 1933 г. канал был официально зачислен в число действующих водных путей Союза ССР. В постановлении особо подчеркивался масштаб проделанной работы. На трассе канала возведено 128 гидротехнических сооружений: 19 шлюзов, 15 плотин, 12 водоспусков, 49 дамб и 33 искусственных канала. Вынуто 21 млн. кубометров грунта, уложено 390 тыс. кубометров бетона и 921 тыс. кубометров ряжевых конструкций. Строительство обошлось почти в 4 раза дешевле первоначальной сметной стоимости и было закончено точно в срок.
Тем временем к переходу по трассе канала готовилась первая группа военных кораблей Балтийского флота. Хотя официально канал был принят в эксплуатацию только 2 августа 1933 г., интересы обороны страны требовали скорейшего создания на Севере военно-морской группировки.
Еще 18 мая 1933 г., когда на ББК заканчивали 18-й и 19-й шлюзы, из Ленинграда вышли эскадренные миноносцы «Урицкий», «Валериан Куйбышев», сторожевые корабли «Смерч» и «Ураган», подводные лодки Д-1, Д-2. Для обеспечения прохода по фарватеру с кораблей было снято вооружение и выгружена часть топлива. Первая экспедиция часто отстаивалась в ожидании окончания работ, поэтому ее переход длился довольно долго. Но все же к 21 июля 1933 г. эскадра, перевооруженная и в полной боевой готовности, уже смогла принять на борт руководителей советского государства в Сорокской губе. Ядро Северной Военной флотилии было создано.