Наконец-то перед нами теория выживания сильнейшего. Примерно в то же самое время Дарвин более полно разработал идею, которая пару раз уже появлялась в его дневниковых записях: процесс отбора построен на случайно возникших изменениях. Приняв концепцию, хорошо известную сегодня натуралистам и физиологам, согласно которой новые признаки появляются неожиданно, Дарвин понял, что у него имелся предварительный материал для модели эволюции, которая брала свое начало в идеях Эразма Дарвина, Роберта Гранта и ложно понятого Жана-Батиста де Ламарка. Эволюция теперь представлялась как результат борьбы и случайности, а не божественного плана, прямых адаптаций или внутреннего жизненного цикла. Дарвин, по его собственным словам, получил «рабочую теорию». Сердце ее еле билось, пуповина еще была не обрезана, но она, теория естественного отбора, все-таки появилась на свет.
В течение многих месяцев, когда Дарвин искал убедительный и концептуально новый механизм эволюционных изменений, идеи его предшественников-эволюционистов по-прежнему были его основными подсказками. В отличие от известного мифа, эти соображения нельзя отбрасывать, когда мы говорим о рождении его собственной теории естественного отбора. Наоборот, многие основные идеи и принципы, которые он использовал в своих рассуждениях в 1836–1839 годах, навсегда останутся с ним. Дарвин никогда не расставался с верой в то, что рост и репродукция взаимодополняют друг друга, как никогда не отказывался и от концепции наследования полезных признаков — функциональной наследственности. Идея эволюции путем естественного отбора получила современную трактовку лишь через несколько десятилетий после его смерти.
Вера в то, что организмы могут менять свою наследственность в ответ на изменения в среде обитания, уже не является частью современной биологической ортодоксальности. Современная биология отвергает и другой постулат науки XIX века: если родительский организм пользуется каким-то органом более интенсивно, то такой орган перейдет к потомству более развитым, а если этот орган не используется, то он может атрофироваться или вообще исчезнуть. Тем не менее Дарвин всю свою жизнь свято в это верил. В его неопубликованных «Опытах», написанных в 1844 году, в первой полной формулировке теории естественного отбора все еще можно найти идеи о том, что «непосредственное влияние» среды автоматически порождает в организме адаптационные способности. Даже в 1859 году он еще не готов исключить этот механизм. Он лишь добавил комментарий, касающийся величины такого влияния: «Оно будет исключительно небольшим для животных, но весьма заметным для растений».
Что еще важнее, Дарвин нигде так и не отказался от теории функциональной наследственности. Какую роль он отводил этой теории, понятно из книги «Происхождение видов»: «Я думаю, не стоит сомневаться, что использование наших домашних животных усиливает и увеличивает некоторые их части тела, а неиспользование приводит к их недоразвитости; причем такие видоизменения носят наследственный характер», — писал он в первом издании. В качестве свидетельства «неиспользования» он называл недоразвитые крылья нелетающих птиц, например большеголовой утки, обитающей в Южной Америке, и домашней эйлсберской утки. Он считал, что у них были короткие крылья потому, что им больше не нужно было летать. Сам этот факт изменил их наследственные признаки. Если продолжить «дарвиновское» утверждение, то получится, что селекционеры, которые вывели эйлсберских уток, специально отбирали либо тех, которые не могли сбежать, либо тех, которые очень быстро набирали вес. Однако такого предположения никогда сделано не было.
Часто, когда упоминается естественный отбор, ему отводится вспомогательная роль. Говоря о слепоте южно-американских грызунов, Дарвин писал: «Поскольку глаза не являются обязательными для животных, большую часть времени проводящих под землей, то уменьшение их размеров, плотное прилегание век и вырастание на них волосяного покрова можно рассматривать как достижение, а если это так, то естественный отбор содействует явлению неиспользования». Аналогичным образом в своем труде «Происхождение человека и половой отбор» (1871) Дарвин объяснял силу «мускулов, служащих для выражения различных эмоций», и «увеличение размеров мозга» у белых европейцев тем, что они больше пользуются этими атрибутами, чем представители других рас и цивилизаций.