Для сторонников дарвиновских идей ответы, которые давала теория эволюции на вечные вопросы естественной истории, были менее важны, чем та платформа, которую они выстраивали, чтобы дискредитировать любителей от науки. Стремясь превратить свои радикальные взгляды в новую научную ортодоксию, они создавали ситуацию, в которой любитель, какими бы профессиональными ни были его исследования, мог быть лишен доступа в высокие научные сферы, например в Королевское научное общество.
Неудивительно, что противопоставление науки и религии в исполнении Гексли показалось странным и непонятным многим практикующим ученым. «Молодая гвардия» затеяла «пограничный конфликт» в тот момент, когда многие его участники даже не подозревали о наличии границы. Однако непрерывные нападки на «вмешательство прелатов», заботящихся о «благочестии науки», вскоре сделали свое дело. Епископ Уилберфорс, человек с большими связями, умеющий подчинить аудиторию, к тому же весьма красноречивый, который противостоял Гексли и Хукеру в тот июньский вечер 1869 года, олицетворял для этих реформаторов весь официоз, мешавший их научной карьере, всех их врагов. Как и многие ученые-любители, он обладал хоть и широкими, но очень неглубокими знаниями. Это означало, что его легко представить как дилетанта, который со своими никчемными комментариями по очень серьезному вопросу лишь дискредитировал науку. «Я показал, что Уилберфорс не имеет ни малейшего представления даже об азах ботанической науки», — говорил Хукер после завершения дебатов. Корреспондент газеты «Ивнинг стар» вспоминал, что Гексли назвал «их светлость» «дутым авторитетом».
Если в существовавшем научном сообществе ученым подобало иметь широкие знания, то новички в науке настаивали на том, что ученый должен быть узким специалистом, нисколько не стыдящимся своего незнания того, что лежит за пределами области его интересов. Стремление к специализации — многие рассматривали его как обязательное условие дальнейшего развития науки — поначалу явилось лишь палкой, с помощью которой со двора науки изгоняли любителей. Более того, в этом старании переопределить науку проглядывались идеи сторонников научного метода. Утверждая, что ими руководит лишь не обремененное никакими внутренними мотивами стремление к поиску истины и желание отгородиться от лишних влияний, эти блестящие молодые люди изменили восприятие обществом науки и ученых. Конечно, в сформированном ими идеале виделся молодой ученый, который продвигает науку вперед, получая за это жалованье. Такой вариант, разумеется, не устраивал ни любителей, ни ученых «в общем и целом». Постепенно наука переставала быть приятным досугом для священников и богатеев. С годами на этом поле место находилось только для тех, кто трудился в университетах и научных лабораториях, вот новые ученые и переписали историю, создав свой «миф о сотворении науки». Этим и объясняется огромная разница между тем, что выдавалось за правду, и тем, что реально происходило вечером 30 июня 1860 года.
Решив написать свой вариант истории, верные сторонники дарвинизма не стесняли себя ни в чем и легко перенесли свои радикальные взгляды на все события после дебатов 1860 года. Появились десятки историй и биографий, в которых был полностью оформлен развод дарвиновской работы «Происхождение видов» с Церковью, и Церкви оставалось только горевать по своей утрате. Однако это стандартное изображение событий — не более чем миф. В середине Викторианской эпохи религия уже не была монолитом, и изображать ее как некую сугубо реакционную силу было абсолютно неверным. Еще в 40-е годы XIX века либеральное крыло англиканской церкви, ничем не отличаясь от реформизма, предложенного группой Гексли, утверждало, что Библию следует рассматривать как исторический текст, лишенный духовного значения. Эти священники-ревизионисты стали причиной целого ряда церковных междоусобиц, масштабы которых значительно превосходили по сути ничего не значащее пикирование между Гексли и Уилберфорсом.
Гексли и его компания сумели в своих целях использовать даже внутрицерковные конфликты. Они не постеснялись вступить в союз с инакомыслящей, но влиятельной группой церковников и в 1860 году подписать письмо, протестующее против попытки архиепископа Кентерберийского Уилберфорса и 25 епископов предать нескольких либеральных теологов церковному суду. В последующие годы Гексли и его сподвижники установили крепкие связи с несколькими высокопоставленными священниками. Именно благодаря этим связям в 1882 году удалось добиться похорон Чарльза Дарвина в Вестминстерском аббатстве. Преподобный Фредерик Фаррар, каноник Вестминстерского аббатства и близкий друг Томаса Гексли отпел этого великого безбожника, как полагается. Совершенно очевидно, что прогрессивные деятели Церкви и ученые-реформисты могли выступать совместно даже после оксфордских дебатов 1860 года.