Вскоре он понял, что ему не встать. Приказал освободить из тюрем всех узников, простить все долги и недоимки. Опекунство над 14-летним Федором поручил боярину Юрию Долгорукову, а «приставниками» к царевичу Петру назначил его деда Кирилла Нарышкина, окольничих Прозоровского, Головина и Головкина. Благословил Федора на царство, причастился, соборовался. И 29 января 1676 г. 46-летний Алексей Михайлович отошел в мир иной. Народное горе было безутешным. И искренним. Массы людей шли и ехали отовсюду, чтобы попрощаться с государем. Даже бедняки за свой счет заказывали заупокойные службы. Ведь Алексей Михайлович был для народа «батюшкой». Врзвеличил Россию, обогатил ее. Берег, ценил и защищал подданных. И теперь они чувствовали себя осиротевшими.
Хотя, конечно, к горю примешивались и опасения — а как оно дальше будет, при новом царе? Опасения, надо сказать, обоснованные. С восшествием на трон Федора Алексеевича к власти пришло совершенно другое окружение, чем при его отце. И так же, как в юные годы Алексея Михайловича, не царь регулировал свое окружение, а оно подчинило царя своему влиянию. Фаворитами Федора стали друзья его детства — постельничий Иван Языков и стольник Алексей Лихачев. И вновь возвысилась родня по матери, Милославские.
Как полагалось, Федор был «утвержден» на царстве Земским Собором — для оглашения указов и принятия присяги были созваны представители от разных сословий и государственных чинов. А вот система опекунства, определенная Алексеем Михайловичем, сразу пошла насмарку. Юрий Долгоруков был уже стар, жил в своей вотчине Архангельском, а может, и не хотел переходить дорожку новым лидерам. И передоверил обязанность опекуна сыну Михаилу, который предпочел пристроиться «в струю» к фаворитам. Милославские же немедленно начали сводить счеты с Нарышкиными, проявив себя людьми мелочными и крайне злопамятными. Месть была совершенно неадекватной тому понижению, которое испытали они сами.
Отец Натальи Кирилл Полуэктович был лишен всех постов и чинов и отправлен воеводой в Смоленск. Удалили в «почетные ссылки» и ее братьев. А Артамона Матвеева, коего Милославские считали главным своим врагом, отправили воеводой в Верхотурье. Но этого показалось мало. Против Матвеева раздули дело по обвинению в расхищении казны и в колдовстве. Подбили на донос комнатного карлика Захара. Он показал, что якобы уснул за печкой и случайно видел, как доктор Стефан и Спафарий учили Матвеева и его сына Андрея чернокнижию, вызвали целую толпу чертей. И по дороге в Верхотурье боярина догнал приказ об аресте, конфискации имущества и ссылке в Пустозерск в качестве обычного преступника. Глава клана Милославских, Иван Михайлович, вообще добивался его казни, но тут уж Федор, по натуре человек добрый и мягкий, давлению не поддался и приговор не утвердил.
Вдовствующая царица Наталья, всего-то 5 лет наслаждавшаяся безоблачным семейным счастьем, очутилась в атмосфере отчуждения и враждебности. Дошло и до притеснений. Иван Языков, сориентировавшись в придворном раскладе, объявил ей, что в кремлевском дворце слишком тесно, и предложил переселиться куда-нибудь в другое место. Но Наталья была женщиной не из робких, решила стоять за себя. Послала к Федору четырехлетнего Петра, и мальчик произнес приготовленную для него и заученную речь, сравнивая себя с царевичем Дмитрием Угличским, а Языкова — с Годуновым. Старший брат и крестный устыдился и «выдал головой» Языкова Наталье, на время отдалив фаворита от двора. Царице был оставлен ее прежний штат из 102 дворян и всех «мамок» и нянек.
Но перемены переменами, а государственные дела не ждали. Напоминали о себе старые проблемы, возникали новые. Так, на башкир уже давно оказывало провоцирующее влияние соседство калмыков — ясака не платят, одни тайши неплохо зарабатывают на царской службе, другие — грабежами караванов и русских селений. Многие башкиры тоже приохотились участвовать в этих набегах. А смерть Алексея Михайловича вроде бы освободила их от прежней присяги царю, «междувластие» давало надежды изменить свой статус. Не исключено, что и русские чиновники решили, что при юном Федоре можно вести себя более вольготно, допустили злоупотребления. Как бы то ни было, башкиры под предводительством вождя Сеита восстали, разорили селения в Уфимском и Казанском уездах. В самих Уфе и Казани люди оказались в осаде, для заступничества носили по крепостям явившуюся в это время чудотворную Табынскую икону Пресвятой Богородицы. Правительству пришлось посылать войска, вести переговоры.