Однако для России это соглашение обернулось второй полосой бунтов. Если причиной мятежей 1648 г. стали злоупотребления «верхов», то теперь маятник как бы качнулся в обратную сторону, и разыгралось своевольство земских «низов», вознамерившихся регулировать государственную политику по собственному разумению. После «соляного бунта» открылось, что юного царя обманывали злые бояре, откуда следовало, что ведь и опять могут обмануть. Глаз да глаз нужен! В Москве шведскому комиссару Иоганну де Родесу отсчитали 150 тыс. наличными. А подряд на закупку ржи на остальную сумму, как велось в России, правительство передало псковскому гостю Федору Емельянову. Он привлек ряд субподрядчиков, не скрывая, что зерно пойдет в счет долга шведам. Новость стали обсуждать по кабакам и базарам, и народ пришел к выводу, что бояре — изменники. Нарочно уступили «немцам» такую уйму денег и зерна, чтобы те могли напасть на Россию.
Псковичи взбунтовались, возглавил их некий Демидов. Изгнали воеводу. Емельянов успел сбежать, но его дом разграбили и пытали жену, добиваясь, где спрятаны деньги. Пришлось бежать еще нескольким купцам и дворянам, участвовавшим в торговых операциях. Одним из таковых был Ордин-Нащокин, примчавшийся в Москву и доложивший царю «про псковский мятеж и бунтованье, отчего и какими обычаи то дурно учинилось». А псковичи послали ходоков в Москву и Новгород — поддержать «патриотический порыв», не допустить вывоза денег и хлеба. Алексей Михайлович направил своих уполномоченных, чтобы успокоить народ. Но горожане совсем распоясались, его грамоту объявили поддельной и «изменной», а уполномоченных, и воеводу не пускали во Псков. Потом пустили, но лишь для того, чтобы избить и арестовать.
За Псковом взбунтовался Новгород. Тут буяны напали на проезжавшее через город датское посольство Граба, то бишь вообще на потенциальных союзников (тоже немцы!), ограбили и взяли под стражу. Воевода Хилков и митрополит Никон хотели угомонить людей, послали безоружных стрельцов разгонять толпы и закрывать кабаки. Но их отмутузили, сотника Басенка хотели казнить — он спасся только чудом. Когда митрополит с клиром вышли увещевать людей, их тоже избили. Над Никоном хотели учинить самосуд, но дети боярские, примкнувшие было к мятежу, оказались более благоразумными и отбили его у толпы. Как и во Псков, сюда приехал царский уполномоченный с грамотой, дворянин Соловцев. Его даже не стали слушать, посадили в темницу. Но подобные безобразия отрезвили часть новгородцев, служилые стали переходить на сторону воеводы и митрополита.
Алексей Михайлович действовал мудро. Созвал Земский Собор, разъяснив делегатам причины бунтов, и представители всех уездов поддержали царя, осудив псковичей и новгородцев. Теперь получалось, что два города противопоставили себя «всей земле», мятеж был локализован. Шведам за непоставленную рожь доплатили 40 тыс. деньгами. А против бунтовщиков стал собирать армию Алексей Трубецкой. Передовой полк Ивана Никитича Хованского выступил сразу, к нему присоединились полковники Корнмихель и Гамильтон с 4 тыс. солдат, стоявших в Олонце и Старой Руссе. И новгородцы, оценив ситуацию, сдались. Псковичи пробовали сопротивляться, но быстро пали духом и тоже открыли ворота. Пятеро смутьянов из Новгорода, виновных в нападении на датского посла, и столько же заводил псковских погромов были казнены. Несколько сот бунтовщиков, в том числе инициатора Демидова, отправили в ссылку. А пострадавшего Никона царь вызвал в Москву, обласкал — и после этих событий он стал «собинным» (особенным) другом Алексея Михайловича.
Не успела разрядиться ситуация на западе, как стали поступать тревожные сигналы с юга — крымский хан выступил со всей ордой, расположился на притоке Днепра р. Орель и обратился к Хмельницкому, стараясь увлечь его в набег на Россию. Но уже собралась армия Трубецкого, не понадобившаяся против мятежников. Ее срочно перенацелили под Тулу. А Хмельницкий уклонился от ханских предложений, дипломатично ссылаясь на опасность со стороны Польши. Он в это время затеял женить сына Тимоша на дочери молдавского господаря Лупула Домне-Розанде. Таким способом Хмельницкий рассчитывал и возвысить собственный род, и создать союз малых государств, который мог бы стать самостоятельной силой.