Разворачивались и культурные реформы. Россия стала центром притяжения греческого, ближневосточного, украинского православного духовенства. Под их влиянием развивалось богословие, в Москве были изданы «Кириллова книга», «Книга о вере», русское издание «Малого Катехизиса» Могилы. Из Киева были приглашены ученые монахи Епифаний Славинецкий и Арсений Сатановский «для риторического учения». Федор Ртищев при поддержке государя основал на Киевской дороге специальный Андреевский монастырь, где 30 образованных монахов с Украины под руководством Епифания должны были учить всех желающих греческому языку, грамматике, риторике, философии, заниматься сверкой богослужебных книг. А при Заиконоспасском монастыре была организована государственная школа для обучения подьячих — первое специализированное учебное заведение для подготовки чиновников. В Москве открылась вторая типография — «греческого языка», при ней была создана центральная столичная библиотека.
Правда, эти процессы вызвали и побочный эффект. Российская и греческая обрядность, как уже было сказано, отличалась. Поэтому в государственных и церковных кругах возникли две партии — «грекофилов» и «грекофобов». Причем обе опирались на одну и ту же формулу: «Москва — третий Рим». Только подходили к ней с разных позиций. Первая исходила из того, что если Русь действительно хочет стать «третьим Римом», всемирным центром и покровительницей православия, то и обряды надо сближать с теми, которые приняты в других странах. Иначе даже украинцы и белорусы, перейдя в подданство царя, очутились бы в положении «иноверцев». К «грекофилам» относились Никон, Вонифатьев, Ртищев.
Вторая группировка обосновывала свои взгляды тем, что первый Рим и второй, Константинополь, пали, допустив «повреждения» веры, а третий стоит, поскольку сохранил чистоту христианства. А греки, мол, уже наказанные за свою «ересь», несут ее теперь на Русь. Доходило до требований вообще перекрещивать греков и украинцев, не признавать их православие истинным. К этой партии принадлежали Неронов, Даниил, Аввакум. Хотя с политической точки зрения данный путь вел к национальному и культурному изоляционизму, что для могучей России, выходящей на мировую арену, никак не подходило. Да и патриотизм сторонников «неповрежденной старины» не стоит преувеличивать. В основном это были крайние фанатики. Аввакум сам вспоминал, как по собственному разумению дополнял епитимью прихожанкам, каявшимся во грехах, — порол их плетью. В других случаях тоже частенько утверждал христианскую мораль через рукоприкладство. И в упоминавшемся эпизоде со скоморохами, и с женой и домочадицей Фотиньей, которых избил за то, что они поругались. Стоит ли удивляться, что такой священник не мог прижиться нигде? Дважды его изгоняли крестьяне, а когда указанием из Москвы он был назначен в Юрьевец-Поволжский, то и там своими методами настроил против себя прихожан. Они собирались крепко проучить его — спасибо воеводе, собрал пушкарей и отбил протопопа. После чего он в третий раз явился жаловаться в столицу и по протекции Неронова был назначен в Казанский собор.
Споры между «грекофилами» и «грекофобами» сперва разгорелись по вопросу о «единогласии». Службы в храмах были долгими, каждый день отмечались праздники нескольких святых, добавлялись требы и молебны, заказанные прихожанами. А народ тогда ходил в церковь регулярно. И для экономии времени в практику внедрилось многогласие. Священники и дьяконы вели по нескольку служб одновременно и читали побыстрее — прихожане вменяли в заслугу священнику, если он мог прочесть несколько молитв, не переводя дух. Греческое и украинское духовенство критиковало такой порядок, указывало, что это выхолащивает саму суть церковных служб, делает их формальностью. И царский духовник Вонифатьев в подчиненных ему храмах ввел единогласие. А, кроме того, добавил к литургии проповедь, что практиковалось в греческой церкви, а в русской — еще нет. У многих нововведения вызвали недовольство. Некоторые предлагали компромисс «умеренного многогласия» — вести несколько служб, но чтобы они не мешали друг другу. Патриарх Иосиф созвал церковный собор, и было решено восстановить прежний порядок богослужения. Однако Вонифатьев не смирился, обратился с апелляцией к патриарху Константинопольскому, который высказался за единогласие. Его мнение стало решающим, и был созван новый собор, постановивший «по церквям петь в один голос».