Святитель Игнатий ратовал за серьезное отношение к традиции Православной Церкви, призывал к чтению Евангелия и творений святых отцов (которые в его время начали издаваться на русском языке), к «удалению от книг, содержащих в себе лжеучение». Несколько сочинений святителя посвящено молитве Иисусовой — в них он говорит об Иисусовой молитве как о ежедневном делании монахов и мирян. Большое место в сочинениях святителя занимают предупреждения против «прелести» — духовного прельщения под воздействием ложных мистических состояний. Резко негативным был взгляд Игнатия на католических мистиков эпохи Средневековья и Возрождения — Фому Кемпийского, Франциска Ассизского, Игнатия Лойолу, Терезу Авильскую. Во времена Игнатия Брянчанинова увлечение католическим мистицизмом было широко распространено в дворянской среде, и «Подражание Христу» Фомы Кемпийского пользовалось большой популярностью. Произведениям католических мистиков святитель противопоставлял творения аскетических писателей Восточной Церкви — Симеона Нового Богослова, Григория Синаита и других. Из изречений отцов египетской пустыни, переведенных на русский язык, святитель составил сборник под названием «Отечник», получивший широкое хождение.
Взгляд Игнатия на церковную действительность своего времени отличался крайним пессимизмом. Он считал необходимым созыв Собора для исправления недостатков церковной жизни, появившихся вследствие реформ Петра I
. Записка, которую он по этому вопросу составил, начинается с заявления о полной дехристианизации и расцерковленности российского светского общества: «Дух времени таков и отступление от православно–христианской веры начало распространяться в таком сильном размере, безнравственность так всеобща и так укоренилась, что возвращение к христианству представляется невозможным». Несмотря на такое начало, святитель далее призывает российское общество к «всецелому оставлению разврата, всецелому подчинению себя строгой христианской нравственности», которая заключается в воздержании от «театров, плясаний, карт и прочих игр сатанинских», а также от чтения языческой литературы.Говоря о положении Российской Церкви, святитель отмечает, что с конца XVII века «западным ветром нанесено много грязной пыли в недра Церкви и в недро государства ко вреду для веры, нравственности и народности», на Церковь стали смотреть через призму «разврата, протестантизма и атеизма». Необходим, по мнению святителя, немедленный созыв Собора с участием представителей восточных патриархов. Последние «неминуемо потребуют значительного возвращения от уклонений, возвращения, необходимого для восстановления во Всероссийской Церкви духа Церкви Вселенской, от которого она уклонилась преимущественно в своем Синоде, тщетно именуемом Святейшим, и в своих Духовных училищах, производящих почти наиболее протестантов и атеистов».
Несмотря на то что святитель был лично знаком с Оптинскими старцами, он дает резко негативную оценку состояния монашеской жизни в Российской Церкви: