В своей записке Игнатий не призывает к восстановлению патриаршества, однако считает необходимым «Синоду дать правильную организацию» и существенно ограничить власть обер–прокурора. Он также призывает к реформе духовных учебных заведений, считая необходимым «изъять из них все языческое, все, даже косвенно влекущее к вольнодумству, безнравственности, иронии, к шутке, к игривости, что все так противно духу христианства и так заразительно действует на испорченную натуру человеческую». В семинариях должны преподаваться философские дисциплины, учение отцов Церкви, а также и естественные науки, к которым апеллируют нигилисты. «Природа возвещает Бога… и науки, объясняющие законы природы, тем сильнее возвещают Бога, — отмечает святитель. — Все великие ученые, математики и естествоиспытатели, как–то: Ньютон, Лейбниц, Неккер, — не только были деистами, но и признавали христианство. Безбожниками были почти все софисты, не знавшие положительных наук и предававшиеся необузданному умствованию и мечтательности».
Цитированная записка по понятным причинам не могла быть опубликована при жизни святителя. Однако тот резко критический взгляд на церковную действительность, который выражен в ней, в более мягкой форме присутствует и в его опубликованных сочинениях. Игнатий был не одинок в своей критике синодального строя, монастырей и духовных школ. В его время эта критика раздавалась из недр светского общества, в том числе от лиц, разорвавших с Церковью. «Очерки бурсы», написанные бывшим семинаристом Н.Г. Помяловским, рисуют ужасающую картину быта Духовного училища и Духовной семинарии середины XIX века. Ни принадлежность к духовному сословию, ни учеба в семинарии не способны были дать надежную прививку от атеизма и нигилизма, что показывают примеры Н.А. Добролюбова и Н.Г. Чернышевского: оба они были сыновьями священников и выпускниками семинарии, но разошлись с Церковью и встали на материалистические позиции. Игнатий Брянчанинов, не принадлежавший к духовному сословию по рождению, восставал против его кастовости именно потому, что сознавал уязвимость сословного духовенства перед вызовом материализма, приобретавшего все большее число сторонников в среде дворянства и интеллигенции. Для ответа на этот вызов Церковь, по мнению святителя, необходимо было реформировать сверху донизу — от Синода до Духовных семинарий и училищ.
Святитель Феофан Затворник (1815—1894) заметно отличался от Игнатия Брянчанинова как по богословским взглядам, так и по общему умонастроению. Для Игнатия был характерен пессимизм во взгляде на современную ему церковную действительность, его книги полны предостережений против прелести, заблуждений, вредных влияний. У Феофана Затворника акцент делается скорее на положительных сторонах духовной жизни: в его писаниях больше здорового оптимизма, духовной трезвости. Между двумя святителями имела место полемика по вопросу о телесности души и Ангелов: Игнатий в «Слове о смерти» утверждал, что душа и Ангел имеют некую тонкую («эфирную») телесную оболочку, а Феофан настаивал на том, что «душа и Ангел — не тело, а дух». Оба святителя занимались переводами с греческого языка, но их отношение к оригинальному тексту было различным: для Игнатия характерно стремление к максимально точному воспроизведению источников, тогда как Феофан подходит к ним с большой долей свободы, заимствуя необходимое и опуская то, что ему кажется ненужным или неполезным. Большинство переводов святителя Феофана представляют собой скорее пересказ, адаптацию текста к нуждам современников, чем собственно перевод. Это относится, в частности, к сделанному им переводу «Добротолюбия», в котором оригинальное «Добротолюбие» Никодима Святогорца было расширено за счет включения большого количества текстов, отсутствовавших в нем, а некоторые оригинальные тексты существенно сокращены. Помимо «Добротолюбия», Феофану принадлежат переводы древних иноческих уставов и творений преподобного Симеона Нового Богослова.