Патриотическая позиция Церкви не осталась незамеченной, и уже в 1942 году гонения на Церковь значительно ослабли. По ходатайству митрополита Сергия некоторые архиереи были возвращены из ссылок и назначены на кафедры. Состоялись хиротонии новых архиереев. Однако переломным моментом в судьбе Церкви стала встреча И.В. Сталина с митрополитами Сергием (Страгородским), Алексием (Симанским) и Николаем (Ярушевичем), состоявшаяся 4 сентября 1943 года по инициативе диктатора. В ходе встречи был поставлен целый ряд вопросов: о необходимости созыва Архиерейского Собора для избрания патриарха и Синода, об открытии духовных учебных заведений, об издании церковного журнала, об освобождении архиереев, находившихся в заключении и ссылке (последний вопрос поставил митрополит Алексий). На все вопросы Сталин дал положительный ответ. Московской Патриархии был предоставлен особняк в Чистом переулке, где она располагается и поныне.
Спустя четыре дня после этой встречи, 8 сентября, в Москве состоялся Архиерейский Собор, в котором приняли участие 19 архиереев. Собор избрал митрополита Сергия патриархом и образовал при нем Священный Синод из трех постоянных и трех временных членов. Интронизация новоизбранного патриарха состоялась в Богоявленском соборе 12 сентября. 8 октября был образован Совет по делам Русской Православной Церкви при Совнаркоме СССР под председательством Г.Г. Карпова. Этому органу советское правительство поручило осуществлять контакт с Церковью и контроль над ней.
Период с сентября 1943 года вплоть до начала «хрущевских гонений» в конце 1950–х годов был для Русской Православной Церкви временем частичного восстановления того, что было разрушено и уничтожено в годы сталинского террора. Государство сохраняло свой атеистический характер, и Церковь оставалась в значительной степени вне общественной жизни. Однако открытые гонения были временно прекращены. Многие православные приходы возобновили свою деятельность на оккупированных немцами территориях, но после того, как Красная Армия изгоняла оттуда немцев, эти приходы уже не закрывались.
4 мая 1944 года умер Святейший Патриарх Сергий, местоблюстителем патриаршего престола стал митрополит Алексий (Симанский). К осени 1944 года на архиерейских кафедрах было уже около 50 архиереев. 21—23 ноября в здании Патриархии в Чистом переулке состоялся Архиерейский Собор с участием 50 архиереев, а 31 января в московском храме Воскресения Христова в Сокольниках открылся Поместный Собор в составе 46 архиереев, 87 клириков и 38 мирян. Поместный Собор избрал патриархом митрополита Алексия и принял «Положение об управлении Русской Православной Церковью». На Соборе присутствовали патриархи Александрийский Христофор, Антиохийский Александр III, Грузинский Каллистрат, представители Константинопольской, Иерусалимской, Румынской и Сербской Православных Церквей. 4 февраля 1945 года в Богоявленском соборе в Москве состоялась интронизация патриарха Алексия.
В 1946 году Русская Православная Церковь расширилась за счет присоединения украинских греко–католиков к Православной Церкви. Решение о воссоединении было принято 8—9 марта 1946 года на Львовском Соборе, в котором приняло участие 204 греко–католических священника и 12 мирян. В результате воссоединения более 3 тысяч униатских церквей стали православными. Так были, по сути, ликвидированы последствия Брестской унии, тяготевшей над Украиной на протяжении четырех с половиной столетий. Однако процесс воссоединения проходил при активной поддержке государственной власти, которая после Львовского Собора сняла с регистрации греко–католические приходы, не вошедшие в состав Русской Православной Церкви, и подвергла жестоким репрессиям униатское духовенство. В этих репрессиях не было вины Русской Православной Церкви, которая сама только начинала возрождаться из пепла. По словам исследователя, «сама подвергшаяся несравненно более страшным ударам в 20—30–х годах, Русская Православная Церковь ни о какой помощи со стороны НКВД в святом деле воссоединения униатов с Матерью–Церковью не ходатайствовала. И то обстоятельство, что это воссоединение соответствовало видам государственной политики, не могло и не должно было удерживать Православную Церковь от того, чтобы принять возвращающихся в свою спасительную ограду».
В послевоенные годы продолжался численный рост Русской Православной Церкви: на 1 января 1949 года епископат насчитывал 73 архиерея, число действующих храмов достигло 14 477, монастырей — 75, действовали 2 Духовные академии и 8 семинарий.