После смерти Сталина 5 марта 1953 года на свободу были выпущены многие узники совести, в том числе священнослужители. Однако уже в 1958 году началась новая кампания против Церкви, инициированная Н.С. Хрущевым, пообещавшим за двадцать лет построить коммунизм, а в 1980 году показать по телевизору «последнего попа». В соответствии с новой установкой на искоренение религии возобновилось массовое закрытие храмов и монастырей, была значительно усилена антирелигиозная пропаганда. В период между 1961 и 1964 годами 1234 человека были осуждены по религиозным мотивам и приговорены к тюремному заключению или ссылке. К началу 1966 года у Русской Православной Церкви осталось 7523 храма, 16 монастырей, 2 Духовных академии и 3 семинарии. Число клириков по сравнению с 1948 годом сократилось вдвое. При этом храмы распределялись по территории страны неравномерно: в областях, не входивших в состав СССР до 1939 года, их было значительно больше, чем в других местах. В некоторых городах с населением в несколько сот тысяч человек могли действовать лишь один или два храма.
Хрущевское гонение характеризовалось не столько открытыми репрессиями против духовенства, сколько мощным идеологическим давлением со стороны властей, стремившихся подорвать потенциал Церкви, разрушить ее изнутри и дискредитировать в глазах народа. С этой целью органы госбезопасности начали предлагать священникам отречение от Бога и вступление на стезю пропаганды «научного атеизма». Для этой неблагородной миссии подыскивали, как правило, тех священнослужителей, которые или состояли под запрещением, или имели канонические нарушения, или находились «на крючке» у властей и боялись репрессий.
5 декабря 1959 года газета «Правда» опубликовала статью, в которой от Бога и Церкви отрекался бывший протоиерей и профессор Ленинградской духовной академии Александр Осипов. Ранее он был запрещен в священнослужении за второй брак, однако продолжал преподавание. Утром того дня, когда текст отречения был сдан в «Правду», Осипов еще читал лекции в академии. Отречение выглядело внезапным и неожиданным, однако на самом деле, как показывают недавние исследования, Осипов на протяжении многих лет был сексотом и писал доносы в КГБ на своих собратьев–священнослужителей. Его отречение тщательно и долго готовилось сотрудниками госбезопасности. Став атеистом, Осипов обратил свой проповеднический дар на обличение «религиозных предрассудков»: в 1960—1967 годах он прочитал до 1000 лекций в 42 областях и республиках СССР, более 300 раз выступал по радио, издал 35 книг и брошюр, написал более 300 статей и очерков. Умирал он мучительно и долго, но и на смертном одре не уставал заявлять о своем атеизме: «У «боженек» милостей выпрашивать не собираюсь». Отречение Осипова и нескольких других священников больно ударило по Церкви, которая, впрочем, не побоялась принять постановление о лишении ренегатов священного сана и отлучении их от церковного общения.
В хрущевские годы, когда был взят курс на бескровное уничтожение Церкви, когда Церковь подвергалась атаке атеизма, теперь уже не «воинствующего», как в 1930–е годы, а «научного», подкрепленного свидетельствами ренегатов и отступников, историческую роль в деле сохранения Церкви сыграл митрополит Ленинградский и Новгородский Никодим (1929—1978). В 18–летнем возрасте став монахом, он уже в 33 года возглавил одну из крупнейших епархий — Ленинградскую. Будучи постоянным членом Синода и председателем Отдела внешних церковных сношений, митрополит Никодим при престарелом патриархе Алексии I в значительной степени определял внутреннюю и внешнюю политику Церкви. В начале 60–х годов в епископате происходила смена поколений: многие архиереи старого поставления уходили в мир иной, и надо было искать им замену, а власти препятствовали рукоположению в епископский сан молодых образованных клириков. Митрополит Никодим сумел переломить эту ситуацию и добиться разрешения на рукоположение молодых епископов, мотивируя это тем, что они необходимы для международной, миротворческой и экуменической деятельности Церкви. Дабы предотвратить закрытие Ленинградской духовной академии, митрополит создал в ней факультет иностранных студентов, а для предотвращения надругательства над священнослужителями во время пасхального крестного хода (что было обычным делом) стал приглашать на пасхальные богослужения иностранные делегации. В расширении международных и экуменических контактов митрополит видел одно из средств для защиты Церкви от травли, организованной богоборческой властью. При этом на словах митрополит был предельно лоялен властям и в своих многочисленных интервью зарубежным средствам массовой информации отрицал гонения на Церковь: это была плата за возможность работать над постепенным омоложением церковного клира. Митрополит Никодим был сторонником сближения с Католической Церковью, за что многие его критиковали. Но его выдающийся вклад в дело защиты Православной Церкви от посягательств властей признавали даже его недоброжелатели.