После падения диктатуры Н. Чаушеску в 1989 году патриарх Румынский Феоктист был обвинен в сотрудничестве со свергнутым режимом и в январе 1990 года ушел в отставку. Однако в апреле того же года Синод Румынской Церкви просил патриарха Феоктиста вернуться к исполнению обязанностей. При новой власти рост и укрепление Румынской Церкви продолжились. К началу XXI века это вторая по величине (после Русской) Православная Церковь: число ее членов составляет около 20 миллионов, она имеет более 13 тысяч приходов, монастырей и скитов, более 500 монашеских общин, более 11 тысяч священнослужителей, более 7 тысяч монашествующих, 2 богословских факультета и 7 Духовных семинарий. Церковь разделена на 30 епархий, из которых 5 находятся за пределами Румынии, в том числе в Западной Европе, Америке и Австралии.
Болгарская Православная Церковь ведет свое существование с IX века, когда благодаря деятельности византийских миссионеров в Болгарии возникает архиепископия в юрисдикции Константинопольского Патриархата. В 919 году на Соборе в Преславе архиепископия провозглашает себя автокефальным Патриархатом с центром в Доростоле. Впоследствии центр Патриархии перемещается в Триадицу (совр. София), затем Преспу и, наконец, Охрид. После завоевания Болгарии в 1018—1019 годах византийским императором Василием Болгаробойцей Охридская Церковь утрачивает автокефалию и статус Патриархата. С 1235 по 1393 год существовал так называемый Второй Болгарский Патриархат с центром в Тырново, однако после падения Второго Болгарского царства он подчинился Константинопольскому патриарху. В 1872 году, когда Османская империя была уже значительно ослаблена, Болгарская Церковь добилась фактической независимости от султана и провозгласила автокефалию, однако Константинопольский Патриархат признал автокефалию недействительной, а Болгарскую Церковь объявил схизматической. Схизма была прекращена лишь в 1945 году, по ходатайству Русской Православной Церкви.
В годы правления коммунистического режима Болгарская Церковь подвергалась притеснениям, многие храмы были закрыты, монастыри опустели. В 1957 году Болгарская Церковь была преобразована в Патриархат. Константинопольский Патриархат поначалу отказался признать законность Патриархата в Болгарии и лишь в 1961 году, по настойчивому ходатайству Русской Православной Церкви, признал патриаршее достоинство предстоятеля Болгарской Церкви.
После падения коммунистического режима в Болгарской Церкви начались нестроения, вызванные тем, что новая власть, грубо вмешавшись во внутренние дела Церкви, в 1992 году низложила патриарха Максима. Некоторые архиереи поддержали это решение, другие оставались верны патриарху. Был образован альтернативный Синод во главе с митрополитом Неврокопским Пименом. Правительство признало этот Синод в качестве легитимной церковной власти. В 1996 году на раскольничьем церковно–народном Соборе Пимен был избран «патриархом». В 1997 году правительство сняло с регистрации патриарха Максима и возглавляемый им Синод. Однако другие Поместные Православные Церкви продолжали считать Максима законным патриархом. Канонический церковно–народный Собор, состоявшийся 2—4 июля 1997 года, подтвердил полномочия патриарха Максима. С 30 октября по 1 октября 1998 года в Софии под председательством Константинопольского патриарха Варфоломея состоялся межправославный Собор, во время которого болгарские епископы, находившиеся в расколе, принесли покаяние. Однако несколько дней спустя они дезавуировали свои подписи под покаянным письмом. Основная часть раскольников вернулась в лоно Церкви после того, как в 2001 году премьер–министром стал бывший болгарский царь Симеон II и правительство поддержало каноническую Церковь.
На начало XXI века Болгарская Церковь имела 14 митрополий, около 3800 храмов, более 1300 священнослужителей, более 160 монастырей, 2 богословских факультета, 1 кафедру богословия, 2 Духовные семинарии. Существуют также епархии и приходы Болгарской Церкви за пределами Болгарии.
Кипрская Православная Церковь имеет автокефальный статус с V века: ее самостоятельность была подтверждена 8–м правилом III Вселенского Собора (451) и 39–м правилом Пято–Шестого Вселенского Собора (691). На протяжении почти четырех столетий (1191—1571) Кипр находился под властью крестоносцев, затем в течение трехсот лет (1571—1878) под властью турок, после чего был подчинен Великобритании. Борьбу Кипра за независимость в середине XX века возглавил архиепископ Макарий III, который после провозглашения независимости стал первым президентом Республики Кипр. В 1975 году западная половина острова была захвачена турками: большинство православного населения было оттуда изгнано, храмы и монастыри осквернены и закрыты. Оккупация Кипра турками продолжается по сей день.