Переходим в XVII век и встречаем такие новые черты в устройстве и управлении патриарших вотчин. Система приказной администрации, существовавшая в государстве, проникла со всеми своими особенностями и в ведомство патриарха и у патриарха явились приказы: патриарший Разрядный, патриарший Казенный, патриарший Дворцовый. Б последнем сосредоточено было управление патриаршими вотчинами. Автор относит ею учреждение к 1613—1620 годам В этот приказ перешел служебный состав прежнего вотчинного управления: во главе приказа стоял дворецкий, которому подчинены были дьяки, сначала один, потом двое, подьячие, стряпчие и пристава приказа. Дворецкий обыкновенно назначался государем и получал от патриарха определенное денежное и хлебное жалованье. По указу патр. Адриана 1698 года денежный оклад дворецкого простирался до 400 руб. Точно так же определенные доходы шли в пользу прочих чиновников приказа Как у царских приказов, так и у патриаршего Дворцового при входе стояли площадные дьяки, считавшиеся приписанными к учреждению, но без жалованья: они кормились тем, что писали бумаги для людей, имевших дела в Дворцовом приказе, и прикладывали руки за неграмотных. Как и прежде, земли патриарха состояли или в непосредственном управлении и пользовании кафедры, или в управлении домовых монастырей, или, наконец, в поместной раздаче. В домовых вотчинах от земли, отданной во владение крестьянам, отделялась «десятинная» пашня, которая обрабатывалась на патриарха «задельем», барщиной. В 1700 году домовой десятинной пашни было 1142 десятины.
Вотчинное управление кафедры продолжало принимать крестьян на патриаршие земли и в XVII веке, и притом в таких размерах, что правительство должно было особыми мерами сдерживать побеги крестьян от помещиков на земли патриарха и облегчать возвращение их к прежним владельцам До 1641 года начать в патриаршем Дворцовом приказе иск против приказных патриарших людей за принятие беглого крестьянина можно было только в три срока в году. В 1641 году по просьбе дворян эти сроки были отменены. Дворяне жаловались на судебные льготы в патриарших вотчинах. Очевидно, условия пользования патриаршей землей манили к себе крестьян с вотчин и поместий других владельцев. Кафедра менее последних чувствовала недостаток в крестьянских рабочих руках. Этим объясняется отчасти, почему вотчинное управление кафедры и после указа о прикреплении крестьян менее других владельцев стесняло переход своих крестьян на чужие земли и с меньшим усердием отыскивало ушедших. О. Горчаков уверяет, что он не встретил ни одного акта, из которого можно было бы видеть, чтобы управление кафедры в XVII веке отыскивало или насильно возвращало на патриаршие земли убежавших крестьян (стр. 380). Управление и повинности крестьян в общих чертах изменились в XVII веке очень мало как в домовых патриарших вотчинах, так и на землях домовых патриарших монастырей. Число последних уменьшилось: из 35 домовых монастырей всероссийского митрополита уцелело после смутного времени только 13; зато в продолжение XVII века приписалось к патриаршему дому 11 новых, которых не было в числе прежних домовых монастырей кафедры.
В актах XVII—XVIII веков автор нашел более точные известия как о размерах патриарших вотчин, так и о количестве денежных и хлебных доходов, которые получала с них кафедра. В 1666 году в патриарших вотчинах значилось по приказным бумагам 6432 двора; Котошихин считал за патриархом более 7000 дворов. В начале XVIII века патриарший Дворцовый приказ считал в своем ведомстве по 1701 год 9326 дворов, мужских душ в них 26899, из них 16103 — на домовых патриарших землях, остальные — на землях домовых монастырей. Сумма денежных доходов патриарха простиралась до 30 000 руб. в год, хлебных с десятинной пашни и оброчного хлеба до 9000 четвертей, не считая столовых запасов, яиц, масла и т. п., доставлявшихся на патриарший двор с вотчин в большом количестве (стр. 343—345, 429).