Вместе с перенесением в церковную администрацию форм и духа учреждений, посредством которых действовала светская власть, в XVII веке обнаружился во внешних отношениях Церкви другой факт, полное подчинение церковною управления светскому. В ведомстве патриарших вотчин этот факт повел к любопытным переменам. Во время междупатриаршества блюстителем патриаршего престола для ведения текущих дел кафедры становился митрополит Крутицкий; но делами патриаршего Дворцового приказа он управлял не от себя, а от имени и по указу царя; последний иногда непосредственно давал указы по делам патриарших вотчин, поручая исполнение их своим сановникам (стр. 350). Назначение дворецкого зависело в большей части случаев уже не от патриарха, а от царя. Класс служилых людей патриарха, дворян и детей боярских в XVII веке достиг значительных размеров: в 1690 году их считалось 209 человек. Они получали поместья из земель патриарха Поместная система в патриарших вотчинах усвоила те же формы и основания, какие действовали в испомещении служилых людей государя. Но вместе с тем и патриаршие дворяне и дети боярские стали в положение государственных служилых людей; на них и патриарших землях, которыми они владели, лежала та же обязанность государственной службы, как и на других помещиках. Таким образом, по выражению о. Горчакова, поместная система в патриарших вотчинах превратилась из, частного вотчинного учреждения в государствен ный институт, состоявший в ведении патриарха (стр. 399). Эти и другие подобные перемены в положении патриарших вотчин привели исследователя к выводу, что «церковно–имущественное значение этих вотчин исчезло совершенно, что они к концу XVII века не были уже частным земельным имуществом кафедры, а превратились в государственное достояние, пожалованное патриарху во владение и управление на время его служения».
Автор объясняет это превращение рядом соображений, заслуживающих внимания (стр. 310—329). Воспроизводим главнейшие черты его рассуждения. В сане патриарха всероссийского совмещались две стороны, два элемента церковной власти: патриарх был и епархиальным архиереем в патриаршей епархии и высшим правительственным лицом в поместной русской Церкви. С учреждением патриаршества вотчины патриарха стали принадлежать «не епархиальной кафедре московского архиерея, а патриарху, как высшей церковной власти в поместной русской Церкви». Вместе с этой переменой в церковно–юридическом значении земельных владений патриарха они получили и новое название «патриарших вотчин». Вместе с названием они стали разделять и судьбу других вотчин в государстве, а эти вотчины, вследствие изменения отношений государства к частному землевладению, тогда уже находились в одинаковом положении с поместьями, потеряли значение частной земельной собственности и по служебному государственному значению своих владельцев сделались владениями на государственном праве. Далее цари, жалуя кафедре различные льготы на ее земли, постепенно развивали в себе мысль, что они жалуют ей и самое право на владение этими землями. Этому помогло еще прикрепление крестьян. Благодаря ему кафедра потеряла право свободно распоряжаться своими землями, на которых жили крестьяне. Отношения между крестьянами и управлением кафедры стали теперь определяться под влиянием государственного закона. Притом в состав владения закон внес, сделал объектом вотчинного права и прикрепленных крестьян.
Но государство никогда не могло выпустить последних из своего распоряжения, оставить их в положении «исключительно частной, имущественной собственности» их землевладельцев. Следовательно, чрез крестьян оно получило право распоряжаться для своих целей и теми вотчинными землями, с которыми они были неразрывно связаны указом о прикреплении. Так руке государства открылся юридический доступ и к патриаршим землям С другой стороны, исторические события, следовавшие за прекращением династии Рюриковичей, открыли патриархам чрезвычайную государственную деятельность. Благодаря этому патриарх сделался первым после царя лицом государстве, получил значение высшего государственного сановника «Но в XVII веке, — говорит о. Горчаков, — всякий государственный сановник владел вотчинами только потому, что служил государству», и его вотчины имели значение не частной, а государственной собственности. Следовательно, и патриаршие вотчины в юридическом смысле были равны вотчинам и поместьям служилых людей государя. Наконец, патриаршими вотчинами, как особой территориальной областью в государстве, управлял патриарший Дворцовый приказ, по устройству и ведомству своему совершенно сходный с государственными учреждениями этого рода Вотчинное и государственное управление вполне совпадало в патриарших вотчинах. Естественно, заключает автор, что цари XVII века стали смотреть на патриаршую вотчинную область, как и на прочие области государства состоявшие в управлении того или другого приказа.