Четвертого марта 1865 г. на инаугурации Джонсон произнес не характерную для него, краткую и сбивчивую речь, которую позже объяснял своим болезненным состоянием и тем, что прибыл в Вашингтон перед самой церемонией, поскольку был занят наведением порядка в Теннесси. Очевидцы, однако, отмечали, что он вел себя странно и походил на пьяного. Как обстояло дело в действительности, так до конца не выяснено. Можно, видимо, поверить Джонсону, что у него было лихорадочное состояние, ибо он как амбициозный карьерист вряд ли мог себе позволить выпить лишнего перед столь ответственным и торжественным событием.
Через шесть недель произошло то самое трагическое событие, которое внезапно превратило Эндрю Джонсона в действующего президента. Заговорщики планировали убить кроме Линкольна и других высших официальных лиц, включая вице-президента. Однако тот, кому было поручено осуществить покушение, в последний момент струсил и отказался от своего плана. 15 апреля 1865 г. Эндрю Джонсон поклялся верно служить стране и народу в качестве 17-го президента США. Он продемонстрировал свое уважение памяти покойного Линкольна, отказавшись переехать в Белый дом в течение шести недель, которые понадобились вдове покойного президента, медленно и неохотно паковавшей свои вещи перед отъездом из резиденции.
Первая проблема, которая встала перед новым президентом, состояла в том, как проводить начатую Линкольном реконструкцию во вновь присоединенных штатах. В отличие от гибкого и склонного к компромиссам Линкольна Джонсон повел себя как жесткий догматик, следовавший установленным им самим нормам и не желавший приспосабливаться к обстоятельствам. На словах Джонсон вел себя как последователь Линкольна, но условия изменились: гражданская война завершилась, а он вел себя так, как будто она продолжалась. Он попытался провести в жизнь «10-процентный план», то есть возвращение южных штатов в Союз после того, как 10 % их избирателей принесут клятву верности США. Большинство же в Конгрессе настаивало на «50-процентном плане», что явно откладывало восстановление прав южных штатов. Помимо этого, недовольство законодателей вызвало стремление Джонсона игнорировать их волю, ссылаясь на пример Линкольна. Однако последний действовал в условиях войны, когда ситуация требовала чрезвычайных мер. Теперь же конгрессмены со все большим недовольством относились к тому, что президент пытался править страной при помощи своих распоряжений, игнорируя право законодательной инициативы.
Джонсон стал проводить так называемую президентскую реконструкцию. Он издал серию распоряжений, определявших условия возвращения южных штатов в Союз. Они должны были ратифицировать 13-ю поправку к Конституции, запрещавшую рабство. Все жители юга, обладавшие собственностью в 20 тыс. долларов и более, должны были, помимо принесения клятвы верности Союзу, обратиться лично к президенту с ходатайством об амнистии и о восстановлении их собственности, которая считалась временно находившейся в распоряжении вооруженных сил. Требовалось также, чтобы на местах были погашены долги Конфедерации, а временные законодательные органы приняли постановления с осуждением прежних документов, связанных с выходом из США. Все эти требования были для юга унизительными и лишь усиливали взаимное отчуждение и ненависть.
Джонсона особенно интересовали личные ходатайства о прощении со стороны крупных землевладельцев юга. Он проводил целые дни, принимая таковых и выслушивая их унизительные просьбы о помиловании. Исследователи называют такое поведение президента просто садистским. В то же время Джонсон явно противоречил себе, торопясь принять южные штаты в Союз в то время, когда Конгресс находился на каникулах. Один за другим, начиная с Северной Каролины в конце мая, президентскими распоряжениями были восстановлены права всех штатов за исключением Техаса из расчета, чтобы все было закончено до того, как конгрессмены соберутся на очередную сессию. Джонсон делал все возможное, чтобы и в северных, и в южных штатах именно его признали творцом нового единства страны. Конгрессу предлагалось смириться со свершившимся фактом. Но законодатели не пожелали сдаваться без боя. Обе палаты приняли решения о неприятии в свой состав депутатов от южных штатов до одобрения высшим органом факта членства их штатов в федерации. Был образован Объединенный комитет обеих палат по реконструкции, которому было поручено рассмотреть дело каждого штата и определить, готов ли он к восстановлению в правах. Главным условием этого была объявлена проверка каждого штата и уведомление, что с бывшими рабами обращаются справедливо.