В этих условиях оппозиция президенту появилась и в правительстве, члены которого, особенно военный секретарь Эдвин Стэнтон, в прошлом единомышленник Джонсона по группе «военных демократов», теперь выступили за сотрудничество с Конгрессом и нахождение приемлемой компромиссной линии. В августе 1867 г. Джонсон потребовал отставки Стэнтона. Последний отказался. Тогда президент своей волей отстранил министра и назначил на его место популярного генерала Улисса Гранта, который был успешен на фронтовых линиях, но слаб в понимании и разрешении политических конфликтов. Вслед за этим Джонсон сменил двух военных губернаторов округов и заменил их более консервативными деятелями.
В ответ в Конгрессе срочно был проведен закон о пребывании в должности, который запрещал президенту увольнять любое лицо, утвержденное на этой должности Сенатом (это относилось прежде всего ко всем министрам). Джонсон попытался вступить в объяснения и направил Сенату доклад о причинах смещения Стэнтона. Сенат счел объяснения неудовлетворительными и восстановил Стэнтона в должности, причем Грант безоговорочно возвратил ему министерский портфель. Джонсон вновь уволил Стэнтона, вступив, таким образом, в конфликт не только с Конгрессом, но и с принятым законом. Эго было для президента крайне опасно.
Теперь радикальные члены Палаты представителей, уже некоторое время готовившие предложения об импичменте, получили возможность дать делу законный ход. В начале марта 1868 г. нижняя палата приняла постановление об импичменте, основная часть пунктов которого связана была с увольнением Стэнтона. С конца марта по начало мая этот вопрос обсуждался в Сенате. Хотя большинство присутствовавших высказалось за отстранение Джонсона от должности (35, против 19), одного голоса не хватило для того, чтобы импичмент вступил в силу (для него, напомним, требовалось 2/3 голосов). Джонсон был спасен. В последние месяцы своего правления он вел себя осторожнее, не вступая в конфликты с законодателями.
На протяжении всех четырех лет пребывания в Белом доме Эндрю Джонсон, занятый проведением собственной линии реконструкции и особенно конфликтами с Конгрессом, мало обращал внимания на иные проблемы управления, в частности связанные с внешней политикой. Эта область была почти полностью доверена опытному госсекретарю У. Сюарду. Главным мероприятием в этой области было увеличение территории США за счет покупки у России Аляски. Как уже отмечалось, переговоры по этому вопросу велись еще до Гражданской войны, а по ее окончании вопрос был вновь поставлен российской стороной. Правительство Александра II, не заинтересованное во владении и освоении территории на другом континенте и крайне нуждавшееся в валюте, в декабре 1866 г. приняло принципиальное решение о продаже территории по другую сторону Берингова пролива площадью свыше 1,5 млн км2
за сумму не менее 5 млн долларов золотом. В марте 1867 г. в Вашингтон прибыл бывший российский посол в США Эдуард Андреевич фон Стёкль, который вступил в переговоры со Сюардом, заручившимся согласием Джонсона на заключение сделки. Американцы оказались уступчивыми. Быстро был согласован договор о продаже Аляски за 7,2 млн долларов (из расчета около 5 долларов за 1 км2). 30 марта был подписан документ, который официально значился как «Высочайше ратифицированная конвенция об уступке Северо-Американским Соединенным Штатам Российских Северо-Американских Колоний». К США переходили не только собственно Аляска, но также береговая полоса Британской Колумбии (она сохранила название, хотя принадлежала России), Алеутские и некоторые другие острова. США передавалось все недвижимое имущество на этой территории и относившиеся к ней документы.Судьба конвенции оказалась в руках Сената, которому предстояло решить вопрос о ратификации. В Комитете по иностранным делам высказывались сомнения в пользе для США обременительного приобретения, тем более сразу по окончании Гражданской войны и при сохранившейся внутренней напряженности. Сказался и конфликт между законодательной властью и президентом. В конце концов восторжествовало мнение о целесообразности приобретения, в основном по геополитическим соображениям — США получали более широкий выход к Тихому океану. 18 октября 1867 г. состоялась официальная церемония передачи Аляски и смежных территорий США. Этот день в США ежегодно отмечается как День Аляски (равноправным штатом она стала только в 1959 г.).