Однако в шестидесятые годы дебаты об убийстве Линкольна сделали крутой поворот: в фокусе оказался спор о вновь найденных или будто бы найденных письмах и других документах, подтверждающих версию автора книги «Почему был убит Линкольн?». Началось с того, что однажды один историк-любитель Р. А. Нефф зашел в букинистический магазин в Филадельфии и приобрел за полдоллара переплетенный комплект журнала «Colburn's United Services Magazine» за вторую половину 1864 г. Через несколько месяцев эта случайная покупка послужила основанием для совершенно неожиданного доказательства, что Стентон был организатором убийства Линкольна, а генерала Лафайета Бейкера отравили по приказу военного министра с целью сохранения тайны заговора…
При перелистывании купленной подшивки внимание Неффа привлекло значительное число цифр и букв, написанных от руки на полях страниц. С помощью специалиста по кодам удалось выяснить, что эти цифры и буквы являются закодированным посланием. Шифр оказался довольно сложным и вдобавок меняющимся от страницы к странице. Первое послание, находившееся на страницах 181, 183, 185–211 и датированное 2 мая 1868 г., гласило: «За мной постоянно следят. Они профессионалы. Мне не удается их обмануть. В новом Риме жили-были трое — Иуда, Брут и шпион. Каждый считал, что станет королем, когда Авраам умрет. Один не доверял другому, но (так) они приближались к тому дню, ожидая решающего момента, когда с пистолетом в руках один из сыновей Брута сможет проскользнуть за спину этого обреченного человека и всадить ему пулю в голову и отбросить его неуклюжее тело прочь. Когда павший лежал, умирая, прибыл Иуда со знаками почтения тому, кого он ненавидел, и, когда, наконец, увидел его умирающим, он сказал: „Ныне он принадлежит истории, а нация ныне принадлежит мне“. Но, увы, судьба решила иначе, потому что Иуда постепенно впал в немилость и вместе с ним Брут был низвергнут на подобающее ему место. Однако, если кто-либо захочет узнать, что произошло со шпионом, я могу уверенно сообщить Вам, что это был я». Все это подписано «Лафайет. К Бейкер». Второе письмо на страницах 106–120, 126, 127 и 245 было закодировано значительно более простым шифром, чем первое — над нужными буквами текста расставлены точки: «10 апреля шестьдесят пятого я впервые узнал, что план осуществляется. Экерт устанавливает все связи, дело будет сделано четырнадцатого. Я не знаю имени убийцы, но мне известна большая часть всего остального. Когда я впервые заговорил об этом с Э. С., он одновременно выразил удивление и недоверие. Потом он сказал: „Вы тоже участвуете в этом. Подождем и посмотрим, что выйдет из этого, и тогда мы будем лучше знать, как нам следует поступить в данном случае“. Я скоро обнаружил, что он подразумевает под „тем“, что я являюсь участником этого дела, когда на следующий день мне показали документ, который, я знал, является подделкой, но хорошей подделкой. Из него явствовало, что мне поручено руководить заговором с целью похищения Президента с вице-президентом в качестве подстрекателя. Я превратился, таким образом, в участника дела, хотя не имел такого намерения». (Заметим, что в закодированном послании неправильно обозначено имя майора Экерта, помощника военного министра — «Ecert» вместо правильного «Eckert», это произошло, видимо, из-за того, что неподалеку в печатном тексте не было буквы «к», под которой можно было бы поставить точку. Последнюю фразу можно прочесть и по другому: «С вице-президентом в качестве подстрекателя я превратился, таким образом, в участника дела, хотя не имел такого намерения».)
В послании далее указывалось: «Тринадцатого он узнал, что Президент приказал, чтобы разрешили провести сессию законодательного собрания штата Вирджиния для решения о прекращении действий войск этого штата против США. Он немедля возбужденно разразился безумной тирадой. Тогда я впервые осознал, насколько он неуравновешен психически и его безумную ненависть к Президенту. Немногие военные министры уважают Президента или его стратегию, но мало кто из них отменит приказ, отданный Президентом. Однако в такой момент безумия он послал генералу Вейтцелю телеграмму, в которой отменял приказ Президента от двенадцатого числа. Потом он рассмеялся смехом, от которого мороз продирает по коже, и сказал: „Если он пожелает узнать, кто аннулировал (в тексте „recinded“ вместо „rescinded“) его приказ, мы предоставим Люциферу сообщить ему об этом. Ступай, Том, и проследи за приготовлениями. Здесь нельзя допускать ошибок“. Тут я впервые узнал, что он был одним из ответственных за организацию заговора с целью убийства. Всегда ранее я думал, что либо он не доверяет мне, так как на деле он никому не доверяет, либо он покровительствует кому-то, пока ему не будет выгодно его предать. Но ныне я знаю правду, и это меня страшит бесконечно. Я боюсь, что могу каким-то образом стать козлом отпущения.