Руководство действиями властей принял на себя военный министр Эдвин Стентон, принадлежавший к группе радикальных республиканцев (так называли решительных противников Юга в рядах правившей республиканской партии). Несколько недель продолжался розыск преступников, которым занимался шеф контрразведки генерал Лафайет Бейкер, за хитрость и коварство прозванный «американским Фуше», по имени знаменитого подобными качествами министра полиции императора Наполеона I. Бута обнаружили укрывшимся в сарае уединенной фермы и смертельно ранили при задержании. При нем был дневник, в котором недоставало нескольких страниц, возможно, содержавших особо важные сведения и потому уничтоженных самим преступником или — кто знает — лицами, участвовавшими в его аресте.
Сообщников Бута судил военный трибунал. Все подсудимые были простыми исполнителями приказов Бута или лиц, стоявших за ним. В качестве свидетелей обвинения власти выставили лиц, вскоре после процесса уличенных в даче ложных показаний. Впрочем, в виновности подсудимых сомнений не возникало ни во время суда, ни впоследствии. Все обвиняемые были признаны виновными, четверо, приговоренные к смерти, повешены. Из других подсудимых трое присуждены к пожизненному содержанию под стражей, один — к шести годам заключения, и отправлены в тюрьму на Драй Тортуга, выжженном солнцем островке в 100 милях от побережья Флориды. Один из них умер от желтой лихорадки, остальные в 1869 г. помилованы Президентом Джонсоном, который взял курс на примирение с побежденными плантаторами и рассорился со своими бывшими политическими союзникам. Палата представителей приняла решение предать Президента суду сената с целью снять с занимаемого им поста. В верхней палате не хватило одного голоса для принятия импичмента и отстранения Джонсона от должности. Во время острой борьбы между радикальными республиканцами, включая Стентона, и Президентом неоднократно говорилось о его возможном участии в организации убийства в театре Форда, в результате которого Джонсон занял пост главы государства. Но при этом не было приведено сколько-нибудь весомых доказательств выдвигавшихся обвинений.
Убийство Линкольна — великого государственного деятеля, сохранившего Соединенные штаты, освободителя чернокожих рабов — превратило его в любимого героя американского фольклора. Его мученическая смерть приобрела мифологические контуры. Появлялись многочисленные свидетельства, что его убийца Бут якобы спасся благодаря могущественным покровителям и прожил под другими именами еще несколько десятилетий после 1865 г. Что же касается самого заговора, то долгое время пытались найти факты соучастия в нем руководителей рабовладельческого Юга, Конфедеративных штатов Америки. Стремление опровергнуть это утверждение явственно проглядывало во многих исследованиях влиятельной части американских историков, симпатизировавших Югу. Существовали и вздорные теории, приписывавшие роль вдохновителей Бута иезуитам или масонам.
Чем больше усиливалось в конце XIX и первой половине XX столетия про-южное направление в американской историографии, тем более черными красками рисовало оно радикальных республиканцев. Активно обыгрывалось, что в их числе было немало лиц, заинтересованных не в искоренении пережитков рабовладения, а в экономическом ограблении побежденного Юга авантюристами и мародерами из северных штатов. Нередко сам Линкольн представал политиком мелкого масштаба, даже просто политиканом, которому было явно не по плечу справиться с развертывавшимися событиями мирового значения. Крайне преувеличивались действительно существовавшие во время гражданской войны разногласия между радикальными республиканцами и Линкольном, которого при данном случае консервативные историки были готовы признать дальновидным государственным деятелем, заботящимся о примирении в будущем со сложившим оружие противником. Все это надо учитывать, если стремиться понять причины громкого успеха одной книги, вышедшей в 1937 г. в Нью-Йорке.
Ее автором был крупный бизнесмен, историк-любитель О. Эйзеншимл, и называлась она «Почему был убит Линкольн?». Через четверть века после ее публикации, когда пал жертвой покушения Президент Джон Кеннеди, что привлекло общественное внимание к истории убийств Президентов в США, появился ряд исторических трудов, развивших и обосновывавших теорию, изложенную в книге Эйзеншимла. А сводится она к тому, что Линкольн был убит в результате заговора северных политиков, подозревавших его в «мягкости» по отношению к южанам, и что во главе заговора стоял Эдвин Стентон.