Но Аввакум, наивно полагая, что это Никон «омрачил» царя, не знал тогда, что и реформа, и «агарянский меч» были не просто звеньями в одной цепи, но следствием политики самого царя по осуществлению пресловутого «греческого проекта». В результате его попытка образумить Алексея Михайловича успехом не увенчалась, да и не могла увенчаться. «Царь был настолько поглощён идеей возрождения Константинополя, II Рима, за счёт собственного государства, что ни о чём другом думать не мог. Возврат к древнему русскому благочестию для него означал отказ от всех своих “свершений” и побед, ставил под сомнение весь смысл русско-польской войны и новых территориальных приобретений. Предать своих верных соратников он также не мог, а может быть, и боялся. Ближайшие бояре и князья, благодаря определённой царской политике, получили огромные владения, новых подданных, совершенно неожиданные статьи доходов. Вернуться к религиозным традициям предков означало для них отказ от последующих завоеваний, грозило породить недовольство и бунт у украинцев, поддерживающих пока московитов в борьбе с польской шляхтой. Мы даже наблюдаем процесс перераспределения собственности внутри самой когорты “избранных”» (Платонов).
Тем самым пути Аввакума и его покровителей резко разошлись. Если бояре боролись лично против Никона и, добившись его падения, а впоследствии и извержения из сана, были в общем-то удовлетворены, то Аввакум шёл против никонианства: против всех тех церковных новшеств, подлинным автором которых были сам царь и его ближайшее окружение. Бояре убеждали опального протопопа примириться с новой верой, обещая высокое общественное положение и какое угодно место, вплоть до места царского духовника, но Аввакум не соглашался.
За то время, пока Аввакум был в сибирской ссылке, в столице произошли серьёзные перемены. Вождём московских староверов какое-то время продолжал оставаться отец Иоанн Неронов. Через год после своей ссылки в Спасо-Каменный монастырь он был отправлен ещё далее на север — в Кандалакшский монастырь Рождества Богородицы, откуда в августе 1655 года ему удалось бежать на Соловки, которые и тогда, и после были оплотом старой веры. Затем, неоднократно избегая ареста, приказы о котором были повсюду разосланы Никоном, он добирается до Москвы, где некоторое время живёт тайно в келии отца Стефана Внифантьева. 25 декабря 1656 года Иоанн Неронов постригся в Переяславль-Залесском Троицком Даниловом монастыре с именем Григорий. Ко времени возвращения Аввакума в Москву Неронову исполнилось уже 63 года, и силы покидали его. К тому же, устрашённый отлучением от «Вселенской Церкви», Неронов примирился и с Никоном, и с введёнными им новшествами.
«В лице прибывшего в Москву Аввакума противники церковной реформы Никона получили теперь нового главу и руководителя, который своею десятилетнею ссылкою в Сибирь, всею тамошнею жизнию и деятельностию блестяще доказал свою безусловную, непоколебимую преданность родной святой старине, всегдашнюю стойкость в раз усвоенных воззрениях, свою редкую, прямо исключительную способность постоять за них при всяких обстоятельствах и положениях, и свою решительную неспособность идти с противниками на какие бы то ни было компромиссы», — писал .Ф. Каптерев.
Возглавив московскую староверческую общину, Аввакум повёл борьбу смело и решительно. Ему часто приходилось вести прения о вере со сторонниками никоновских церковных реформ. Так, Иоанн Неронов упоминает о беседах Аввакума «наедине» с архиепископом Иларионом Рязанским и с новым царским духовником Лукьяном Кирилловым — «о сложении перстов, и о трегубой аллилуии, и о прочих догматех» старых и «нынешних нововводных».
Однако самые ожесточённые споры в те дни проходили в доме Феодора Михайловича Ртищева за кремлёвскими Боровицкими воротами на углу Знаменки и Моховой, куда Аввакум «бранитца со отступниками ходил». Интересно, что дом Ртищева был местом постоянных столкновений по вопросам церковной реформы и до приезда Аввакума в Москву. Отец царского окольничего Михаил Алексеевич Ртищев осуждал за приверженность старой вере свою племянницу, боярыню Феодосию Прокопьевну Морозову, которая вскоре станет духовной дочерью Аввакума. Дядя Ртищева по матери Спиридон Потёмкин, образованный старовер, ссорился с его сестрой Анной Михайловной, сторонницей Никона.