Трое суток провёл Аввакум в доме царского постельничего, после чего Ртищев доложил о нём непосредственно царю. «Государь меня тотчас к руке поставить велел и слова милостивые говорил: “здоров ли-де, протопоп, живешь? еще-де видатца Бог велел!” И я сопротив руку ево поцеловал и пожал, а сам говорю: “жив Господь, и жива душа моя, царь-государь; а впредь что изволит Бог!” Он же, миленькой, вздохнул, да и пошел, куды надобе ему».
Царь велел разместить Аввакума на подворье Новодевичьего монастыря, которое находилось рядом с Вознесенским монастырём в Кремле. «И, в походы мимо двора моево ходя, кланялся часто со мною низенько-таки, а сам говорит: “благослови-де меня и помолися о мне!” И шапку в ыную пору, мурманку, снимаючи с головы, уронил, едучи верхом! А из кореты высунется, бывало, ко мне. Таже и все бояря после ево челом да челом: “протопоп, благослови и молися о нас!” Как-су мне царя тово и бояр тех не жалеть? Жаль, о-су! видишь, каковы были добры! Да и ныне оне не лихи до меня; дьявол лих до меня, а человеки все до меня добры», — писал впоследствии Аввакум.
Но царские и боярские милости не могли затмить главного: приехав в Москву, Аввакум увидел, что никоновские новшества прочно укрепились в церкви. И он вновь выступил с их обличением. Время пребывания Аввакума в Москве становится самой горячей порой его проповеднической деятельности. Пользуясь в это время большой свободой, он действовал и устным словом, и писаниями. В первую очередь он обращается с челобитной к царю. «Я чаял, — пишет в ней Аввакум, — живучи на Востоке в смертях многих, тишину здесь в Москве быти; а я ныне увидял церковь паче и прежняго смущенну. Свет наш государь, благочестивый царь! Златаустый пишет на Послание к ефесеом: “ничтоже тако раскол творит в церквах, якож во властех любоначалие, и ничтож тако прогневает Бога, якоже раздор церковной”. Воистинно, государь, смущенна церковь ныне».
Описывая царю все свои мытарства, которые ему пришлось претерпеть от самого начала священнического служения «ради Церкви Божия», в том числе и сибирские — за сопротивление Никоновым «затейкам», Аввакум вместе с тем выражает свою твёрдую и неизменную позицию в делах веры. Он призывает царя отказаться от никоновских реформ, видя в них главную причину всех несчастий, постигших за последнее десятилетие Русскую державу;
«И моровое поветрие не мало нам знамение было от Никоновых затеек, и агарянский меч стоит десять лет беспрестани, отнележе разадрал он церковь… Не прогневайся, государь-свет, на меня, что много глаголю: не тогда мне говорить, как издохну! А близ исход души моей, чаю, понеже время належит. То не отеческой у патриарха вымысл, но древняго отступника Иулияна и египтенина Феофила, патриарха Александрова града, и прочих еретик и убийц, яко християн погубляти. Мне мнится, и дух пытливой таков же Никон имать, яко и Феофил, понеже всех устрашает. Многие ево боятся, а протопоп Аввакум, уповая на Бога, ево не боится. Твоя, государева-светова, воля, аще и паки попустишь ему меня озлобить, за помощию Божиею готов и дух свой предати. Аще не ныне, умрем же всяко и житию должная послужим; смерть мужу покой есть [55];смерть греху опона. А душа моя прияти ево новых законов беззаконных не хощет. И во откровении ми от Бога бысть се, яко мерзок он пред Богом, Никон. Аще и льстит тебе, государю-свету, яко Арий древнему Констянтину, но погубил твои в Руси все государевы люди душею и телом, и хотящии ево законы новыя прияти на Страшнем Суде будут слыть никонияня, яко древнии арияня. Христа он, Никон, не исповедует, в плоть пришедша; Христа не исповедует ныне царя быти и воскресение Ево, яко июдеи, скрывает; он же глаголет неистинна Духа Святаго, и сложение креста в перстех разрушает, и истинное метание в поклонех отсекает, и многих ересей люди Божия и твоя наполнил; инде напечатано: “духу лукавому молимся”. Ох души моей и горе! Говорить много не смею, тебя бы мне, света, не опечалить; а время отложить служебники новые и все ево, Никоновы, затейки дурные! Воистинно, государь, сблудил во всем, яко Фармос древней. Потщися, государь, исторгнута злое ево и пагубное учение дондеже конечная погуба на нас не приидет, и огнь с небесе или мор древний и прочая злая нас не постигло. А егда сие злое корение исторгнем, тогда нам будет вся благая: и кротко и тихо все царство твое будет, яко и прежде Никонова патриаршества было; и агарянской меч Бог уставит и сподобит нас получити вечная благая».