Осенью 1664 года царские войска начали операцию по «зачистке» Вязниковских лесов, где некогда подвизался духоносный старец Капитон, пророчески предсказавший никонианское отступничество. Дело Капитона в Вязниковских лесах продолжали его ученики: препоясанный железным поясом «дивный Леонид», строгий постник Симеон, «всепречудный Иаков», «всекрасный в пустынницех и предивный житием отец Прохор» и ученик Прохора, сподвижник самого Капитона — «великий и премудрый Вавила». Подвизаясь в Вязниковских лесах, ученики Капитона проповедовали древлеправославие не только словом, но и своей подвижнической жизнью. Постепенно учение лесных старцев широко распространилось среди крестьян Ярославского, Костромского, Рязанского, Владимирского, Тверского и Московского уездов. Слух об их иноческих подвигах и стоянии за старую веру быстро достиг столицы, и уже в 1662–1663 годах Вязниковскими лесами заинтересовался приказ Тайных дел. Против лесных старцев была послана целая военная экспедиция во главе с князем Иваном Прозоровским. «Вязниковские леса с их бесчисленными убежищами “лесных старцев” были основательно “прочёсаны” полковником Александром Лопухиным и его войсками. Норы и кельи агитаторов и их духовных детей вокруг озера Кшаро и по реке Клязьме были разгромлены и сожжены» (Зеньковский).
В декабре 1665 года начался новый сыск, занявший около двух месяцев. За это время было арестовано до ста человек и сожжено 30 заклязьминских скитов. Когда весть о приближении воинской команды достигла скитов, многие пустынники побежали ещё дальше в леса. Звали ученики бежать с собой и отца Прохора. Но он спокойно отвечал им: «Идите, чада, и укрыйтеся скоро, мене оставльше. Ибо аз прежде вас тако убежу, яко никогдаже постижен буду ловящими». Ученики блаженного отца Прохора удивились, но ослушаться старца не посмели и оставили скиты, поскольку воинская команда была уже совсем невдалеке. Старец же затеплил свечу и, приготовив кадило, вложил в него ладан. Покадив святые иконы и свою келью, он со многими слезами прочёл свое келейное правило. Воины уже подходили к его келье, когда он закончил молиться. Прохор спокойно лёг на свое ложе, оградил себя крестным знамением и, крестообразно сложив руки на груди, тихо отошёл к Богу. Ворвавшиеся в келью воины увидели чудную картину: свеча перед иконами ещё горела, кадило дымилось, испуская благоуханный дым, а старец без дыхания мирно покоился на своём ложе. Лицо его было необыкновенно спокойно и светло. Объятые страхом, воины выбежали из кельи вон.
Поиск святости приводил в Капитоновы скиты не только простых русских мужиков-«невеж». Среди последователей Капитона особенно выделялся ученик отца Прохора Вавила, «рода иноземческа, веры люторския». «Всеизрядный любомудрец», закончивший парижскую Сорбонну и освоивший все тонкости современных ему богословия и философии, он также нашёл путь к Богу у лесных старцев. Изучив в совершенстве греческий, латинский, древнееврейский и немецкий языки за время учёбы в университете, он впоследствии овладел русским и церковнославянским. Этот необыкновенный человек приехал в Россию ещё при царе Михаиле Феодоровиче и, как пишет автор его Жития, «осиян быв всепресветлыми благочестия лучами» и «яко из лавиринфа некоего… от бездвернаго люторскаго вредословия изшед», принял крещение по православному обряду.
Став православным, Вавила решил вести строго подвижническую жизнь, сторонясь мирской суеты. «Мирскаго мятежа и многосуетствия отлучився, во пристанище спасения приходит, всеизрядный бывает любомудрец, любомудрствует о добрых, познавает лучшая, творит философскую душу любомудрия святыми украшая нравы, от светскаго бывает инок, от мирожителя пустынножитель, от гордящагося и сластолюбца, смирен, воздержник, и терпения всекрасный адамант показася; и понеже убо толико естественною силою изобильствова, елико за три человека и множае можаше и носити и делати: железы свою силу самоизволительно смиряет, вериги тяжки на себе положив, железами же чресла своя опоясав; тако крестоносно страдаше; тако терпение Владычне всекрасно собою изображаше; прежде же всех свою волю и своя желания, мечем послушания заклав умертви».
Вавила становится послушником и учеником отца Прохора, неотлучно пребывая при нём. Никоновские реформы, до основания потрясшие корабль Русской Церкви, заставили Вавилу выйти из своего лесного затвора, где он пребывал в безмолвии, и выступить с открытыми обличениями новшеств. Его проповедь пользовалась большим успехом среди народа. Обладая даром красноречия и будучи человеком глубоко образованным, в особенности же в вопросах богословия, Вавила представлял для никониан серьезную опасность. Он был арестован и доставлен в город на допрос.