Никоновские новшества вызвали широкий протест, в ответ на который незамедлительно последовали репрессии. С лета 1653 года начался разгром неугодных царю и патриарху боголюбцев. Первой жертвой никоновской инквизиции стал протопоп Логин Муромский. Вновь было поднято дело, сфабрикованное десять лет назад муромским воеводой. Воевода обвинял Логина в том, что тот будто бы похулил иконы Спасителя, Богородицы и всех святых. Собственно, это дело возникло из сущего пустяка, как явствует из «Росписи спорных речей с патриархом Никоном» Иоанна Неронова и из челобитных муромских священников местному епископу. Произошло нечто, аналогичное случаю с благословением Аввакумом сына боярина Шереметева, только на этот раз в «блудном образе» выступал не молодой юноша, а почтенная матрона. Когда на обеде у муромского воеводы Игнатия Бестужева воеводская жена подошла к Логину под благословение, тот спросил: «Не белена ли ты?» Присутствовавшие вступились за неё, а некто Афанасий Отяев обратился к протопопу со следующим провокационным вопросом: «Что ты, протопоп, хулишь белила? Без белил не пишутся образа Спасителя, Богородицы и всех святых»
. На это Логин отвечал: «Какими составами пишутся образа, такие и составляют писцы, а как такие составы положить на ваши рожи, так и сами не захотите; Сам Спас, Пречистая Богородица честнее своих образов». Воевода приказал взять Логина под стражу и написал патриарху, что протопоп «похулил образ Господа нашего Исуса Христа, и Пресвятыя Богородицы, и всех святых».Никон ухватился за это дело и раздул его до неимоверных размеров. В июле 1653 года в Крестовой палате у патриарха состоялся церковный собор для суда над Логином. Никон велел отдать его жестокому приставу. За муромского протопопа вступился Иоанн Неронов: «За что его дать за жестокого пристава? Услышит он, пристав, от тебя гнев, и он его уморит. То ли твоя святительская милость к священному чину?»
Произошло открытое столкновение между Нероновым и Никоном. Ростовский митрополит Иона и ярославский протопоп Ермил свиде-тельствовали, что на одном из заседаний собора, когда Неронов сказал о необходимости утверждения приговора царём, Никон заявил нечто совершенно неслыханное: «Мне-де царская помощь негодна и ненадобна, да таки-де на нее плюю и сморкаю». Услышав такие слова, митрополит Иона хотел «с места бежать». Неронов отвечал Никону: «Владыко, не дело говоришь, все святые отцы и соборы призывали благочестивых царей и их синклит на помощь себе и православной вере».На следующем заседании собора Неронов прямо обвинил Никона в превышении власти, однако митрополит Иона и протопоп Ермил, свидетели дерзких высказываний патриарха о царе, от своих показаний отреклись, устрашившись патриаршего гнева. Но Неронов продолжал открыто обличать Никона: «А тебе если кто добра хочет, ты и тех ненавидишь, а которые клеветники и шепотники, и ты тех любишь, и жалуешь, и слушаешь; если тебе на кого наклевещут, хоть за 500—1000 верст, ты веришь. Про богомольцев, со слов клеветников, говоришь, что они нечестивые… Доселе ты друг наш был, а теперь на нас восстал. Иных ты удалил и на их место поставил других, а от них доброго ничего не слыхать»
.