В продолжение спора Никон сказал, что на Иоанна Неронова поступила челобитная от священников и причетников Казанского собора, обвинявших его в бесчинии. Неронов потребовал прочесть челобитную вслух, а когда её не прочли, бросил в лицо Никону:
Наказание не заставило себя ждать. 4 августа Иоанн Неронов был арестован и отдан под начал в Новоспасский монастырь. В тот же день его перевели в Симонов монастырь, где содержали под строгим арестом: домашних к нему не пускали, в Церковь ходить не разрешали, а ночью даже стерегли «со свещами». Через неделю его отвезли на Цареборисовский двор, где били немилостиво, а затем снова привезли в Симонов монастырь и на шею надели цепь. 12 августа в Успенском соборе Иоанна Неронова расстригли (чин совершал крутицкий митрополит Сильвестр), а 13-го сослали под строгий начал в Спасо-Каменный Вологодский монастырь, на Кубенское озеро.
После ареста Иоанна Неронова протопоп Аввакум фактически оказался во главе старообрядческой оппозиции. Началась открытая борьба членов кружка ревнителей благочестия с новым патриархом. Аввакум проповедует неприятие никоновских новин.
Современному человеку может показаться странной такая преданность вере, желание умереть за «единый аз». Но не стоит мерить людей другой эпохи своим несовершенным аршином. Если в нынешний век всеобщего религиозного скептицизма и пресловутой «веры в душе» мы чего-то не понимаем, в этом скорее наша слабость, а не преимущество. Не нужно забывать, что в дониконовской Руси верою был пронизан каждый момент жизни человека, а в каждой благочестивой семье был принят почти монастырский уклад. И для искренне верующего человека в делах веры компромисс был невозможен. Нельзя было «для виду» перекреститься по-новому, а «в душе» верить по-старому.