После издания Служебника и «Скрижали» Никон почти не следил за ходом книжной «справы», полностью передав её в руки своих ставленников, а сам вплотную занялся разработкой чина архиерейского богослужения. Впервые этим чином Никон заинтересовался в 1654 году, после того как низвергнутый константинопольский патриарх Афанасий Пателярий написал специально для него сочинение под названием «Чин архиерейского совершения литургии на Востоке», впоследствии положенный в основу новообрядческих изданий архиерейского Чиновника. Патриарх Никон внимательно следил за богослужением восточных иерархов и раболепно старался им подражать. Нередко он совершал литургию по-гречески, после него в русском архиерейском богослужении вновь стали употребляться непереведённые греческие возгласы и молитвы — «Кирие элеисон» («Господи, помилуй»), «Аксиос» («достоин») и прочие, произносившиеся в Русской Церкви по-славянски по крайней мере с XIV века. Он явно готовился к будущему богослужению в главном храме всего православного мира — Святой Софии Константинопольской.
Однако со временем властолюбие и гордыня Никона, стремившегося стать в православном мире тем же, кем в мире католическом был римский папа, привели его к разрыву даже с выдвинувшим и поддерживавшим его царём Алексеем Михайловичем. В 1656–1657 годах Никон был сделан полновластным распорядителем по всем государственным делам по случаю очередного отбытия царя на войну — на этот раз со Швецией. Однако военные походы, освободив на время царя от личного воздействия патриарха, стали началом падения Никона. Тем более и война со Швецией, во многом начатая под влиянием Никона, закончилась полной неудачей. Со временем стало ясно: царь более в Никоне не нуждается. В 1658 году обойдённый царским вниманием «великий государь Никон, патриарх всея Великия и Малыя и Белыя России» самовольно оставил патриарший престол, бросил свою паству на произвол судьбы и уехал в построенный им Воскресенский Новоиерусалимский монастырь.