Через полтора года, когда до Москвы дошли вести о том, что протопоп Аввакум не прекратил своих обличений никоновских реформ и что его проповеди пользуются большим успехом у жителей Тобольска, пришёл указ об отправке опального протопопа ещё далее на восток. «Посем указ пришел: велено меня ис Тобольска на Лену вести за сие, что браню от Писания и укаряю Никона, еретика».
Патриаршая грамота о переводе Аввакума с семьёй под стражей в Якутский острог была получена в Тобольске 27 июня 1655 года: «По указу отца вашего государева и богомольца великого государя святейшего Никона патриарха московского и всея Великия и Малыя России, велено нам, холопем вашим, тобольского вознесенского протопопа Аввакума з женою и з детьми послать из Тобольска с приставом, с кем пригоже, и с провожатыми на Лену в Якуцкой острог к стольнику и воеводе к Михаилу Лодыженскому да к дьяку к Федору Тонково. И о том от себя к ним отписать. А велети б ему, протопопу Аввакуму, быти в Якуцком. А божественные службы, по указу отца вашего государева и богомольца великого государя святейшего Никона… тому протопопу служить не велети». Здесь же указывалось сыскать архиерейский посох, о котором сообщал в своём доносе на Аввакума Иван Струна.Вместе с этим указом пришли и печальные вести из Москвы о смерти во время мора двух братьев Аввакума, многих его родственников и друзей. «Излиял Бог на царство фиял гнева Своего! Да не узнались горюны однако, — церковью мятут. Говорил тогда и сказывал Неронов царю три пагубы за церковной раскол: мор, меч, разделение: то и сбылось во дни наша ныне».
29 июня 1655 года, в Петров день, Аввакум и его семья были отправлены «в Енисейской острог с красноярским сыном боярским с Милославом Кольцовым да с енисейскими казаки с Якушкою Калининым, да с Левкою Семеновым, да с Стенькою Ипатовым, да с Федькою Темякиным, да с ылимским казаком Ывашкою Дунаевым»
… Путь от Тобольска до Енисейска занял около трёх месяцев. Плыли сначала вниз по Иртышу, затем вверх по Оби и Кети с выходом на Енисей через Маковский волок. К концу сентября — началу октября прибыли, наконец, в Енисейский острог, где и зазимовали. Однако до Якутского острога Аввакуму доехать было не суждено — в дороге его нагнал новый указ: отправляться в составе экспедиции воеводы Афанасия Пашкова в далекую Даурию [37]…Предстоящая экспедиция в «новую Даурскую землю» готовилась заранее. Задачей экспедиции было покорение земель, лежащих на Амуре, и окончательное установление там русского владычества. После удачного похода на Амур отряда Ерофея Павловича Хабарова московские власти решили закрепить свои позиции на новых землях. С этой целью ещё с 1652 года готовился экспедиционный корпус в составе трёх тысяч человек под командованием окольничего князя И.И. Лобанова-Ростовского. Однако после начала Русско-польской войны 1654–1667 годов, являвшейся составным звеном авантюрного «греческого проекта» по созданию «Вселенского православного царства», ситуация резко изменилась. Втянутая в затяжную войну с Речью Посполитой, Россия не могла распылять свои основные силы, а потому вся тяжесть организации предстоящей Даурской экспедиции легла на плечи сибирской администрации. Ситуация усугублялась тем, что китайский император считал земли, лежащие по реке Амур, своими, и действия Хабарова обострили отношения Русского государства с Цинской империей. К этому добавилось неудачное посольство в 1654 году боярского сына Фёдора Байкова, который своим упрямством и неумением вести переговоры ещё более обострил отношения между двумя государствами.