Став православным, Вавила решил вести строго подвижническую жизнь, сторонясь мирской суеты. «Мирскаго мятежа и многосуетствия отлучився, во пристанище спасения приходит, всеизрядный бывает любомудрец, любомудрствует о добрых, познавает лучшая, творит философскую душу любомудрия святыми украшая нравы, от светскаго бывает инок, от мирожителя пустынножитель, от гордящагося и сластолюбца, смирен, воздержник, и терпения всекрасный адамант показася; и понеже убо толико естественною силою изобильствова, елико за три человека и множае можаше и носити и делати: железы свою силу самоизволительно смиряет, вериги тяжки на себе положив, железами же чресла своя опоясав; тако крестоносно страдаше; тако терпение Владычне всекрасно собою изображаше; прежде же всех свою волю и своя желания, мечем послушания заклав умертви».
Вавила становится послушником и учеником отца Прохора, неотлучно пребывая при нём. Никоновские реформы, до основания потрясшие корабль Русской Церкви, заставили Вавилу выйти из своего лесного затвора, где он пребывал в безмолвии, и выступить с открытыми обличениями новшеств. Его проповедь пользовалась большим успехом среди народа. Обладая даром красноречия и будучи человеком глубоко образованным, в особенности же в вопросах богословия, Вавила представлял для никониан серьезную опасность. Он был арестован и доставлен в город на допрос.