Посрамлённые этими словами Вавилы судьи не знали, что отвечать, и хмуро молчали. Тогда Вавила стал упрашивать, чтобы его отпустили в Москву на «разглагольствие» о вере с патриархом и другими архиереями. Судья написал об этом прошении старца в Москву царю и патриарху. Но у защитников новой веры был единственный «аргумент» в спорах — пытки и казни. В ответ на предложение о диспуте из столицы пришёл грозный указ: пытать немилостиво и предать смерти. В январе 1666 года произошла расправа над руководителями лесных старцев — Вавилой, Леонидом и Вавилой «молодым». После долгих изуверских пыток они были сожжены в срубах: первый — в Вязниках, двое других — во Владимире.
Расправившись с вязниковскими старцами, Лопухин «зачистил» Керженецкие леса, где захватил непримиримого противника никоновских новин старца Ефрема Потёмкина, а затем прошёлся и по всему Среднему Поволжью. Со своей стороны, на северном берегу Волги воевода Степан Зубов «чистил» район Костромы и Вологды. Ему помогали знаменитый впоследствии полковник Артамон Матвеев и дьяк Феодор Михайлов.
Однако полностью уничтожить лесное движение правительству так и не удалось. Уже в феврале 1666 года, после казни Вавилы и Леонида, новообрядческий монах Серапион отправил в приказ Тайных дел два доноса, в которых сообщал о продолжении движения лесных старцев и о том, что во главе пустынников Владимирского края встала некая старица Евпраксея…
В Москве после ссылки Аввакума в защиту старой веры открыто выступила боярыня Морозова.
Менее щепетильны были власти по отношению к прочим «церковным мятежникам». Уже в ноябре 1665 года из Сибири в Москву привезли более десятка вождей сопротивления во главе с иереем Лазарем. Некоторых в ожидании предстоящего собора сразу же сослали на Север — из Мезени их было легче и быстрее привезти на соборный суд. В декабре арестовали диакона Феодора и попа Никиту Добрынина. Других «церковных мятежников» — в их числе игумена Сергия Салтыкова, соловецкого старца Герасима Фирсова, архимандрита Антония, юродивых Авраамия, Феодора и Киприана — задержали и посадили под наблюдение. В августе 1665 года в Вологду сослали и старика Неронова. Одному игумену Досифею, всегда осторожному и неуловимому, удалось избежать ареста и скрыться.