Сам царь Алексей Михайлович в 1665 году в своём письме иерусалимскому патриарху жаловался:
Пользовавшийся общепризнанным авторитетом среди ревнителей древлего благочестия старец Спиридон Потёмкин видел в будущем церковном соборе единственное средство устранить все еретические нововведения реформаторов и восстановить в Церкви желанный мир, а в храмах Божиих — былое благолепие. По свидетельству диакона Феодора, старец Спиридон
И действительно, как только старец Спиридон отошёл к Богу (случилось это 2 ноября 1665 года), царь Алексей Михайлович сразу же решил вопрос о соборе в положительную сторону. Во все концы государства Российского были разосланы царские грамоты. Большой Московский собор, на который для придания ему большей авторитетности приглашались и восточные вселенские патриархи, должен был, по замыслу царя, убить сразу двух «зайцев». Предполагалось превратить его в грандиозный судебный процесс, с одной стороны, над превысившим свои полномочия бывшим патриархом Никоном, а с другой — над упорствующими вождями церковной оппозиции. Вместе с тем собор должен был, наконец, избрать нового патриарха.
В конце 1665-го — начале 1666 года были арестованы все находившиеся на свободе вожди старообрядческой оппозиции, а в феврале 1666 года в Москву по царским грамотам съехались все русские архиереи и видные представители духовенства. Однако ещё до открытия большого собора с участием вселенских патриархов царь хотел заручиться поддержкой русских архиереев. Для этого он устроил у себя предварительное заседание всех высших русских иерархов и заставил каждого письменно ответить на три вопроса, обеспечивающих признание начатых им церковных реформ: 1) являются ли греческие патриархи — Константинопольский, Александрийский, Антиохийский и Иерусалимский — православными? 2) достоверны ли используемые в греческих церквах рукописные и печатные богослужебные книги? 3) является ли правильным Московский собор, бывший в 1654 году в царских палатах при патриархе Никоне?