К концу февраля царь уже имел на руках подписанные всеми русскими архиереями ответы, в которых в один голос говорилось, что греческие патриархи, греческие книги и церковные чины православны и священны, а Московский собор 1654 года — законен и, следовательно, его постановления обязательны для всех православных русских людей.
Такому единодушию русских церковных иерархов не следует удивляться. Достаточно поверхностного взгляда на «послужной список» участников злополучного Собора 1666 года, чтобы понять, что все эти люди оказались во главе Русской Церкви далеко не случайно. Фактически это была уже в прямом смысле слова созданная царём Алексеем Михайловичем «карманная» церковь, беспрекословно выполнявшая все его «затейки» и указания. Олицетворением этой новой церкви стал архимандрит кремлёвского Чудовского монастыря Иоаким — по меткой характеристике диакона Феодора, «человекоугодник и блюдолиз», впоследствии выслужившийся до патриаршего сана.
Естественно, никто не посмел возражать царю. Как отмечает историк В. О. Ключевский, новые владыки испугались за свои кафедры:
За несколько лет, прошедших с начала реформ, царь полностью сменил всё высшее руководство Русской Церкви, весь епископат и руководителей крупнейших монастырей. Даже Никон теперь обвинял Алексея Михайловича в том, что тот без всякого стеснения вмешивается в церковные дела:
Остальные архиереи были уже или поставлены лично Никоном или по «исправленным» при нём книгам. Так, митрополит Ростовский и Ярославский Иона (Сысоевич) был поставлен Никоном в 1652 году из архимандритов ростовского Богоявленского монастыря и почти один в один повторил его путь «наверх». Со 2 сентября 1664 года он являлся местоблюстителем патриаршего престола, однако не мог «соблюсти» его должным образом, когда 18 декабря 1664 года в Успенском соборе неожиданно появился Никон, пытавшийся вернуться на патриаршество. Иона принял у бывшего патриарха благословение, подав тем самым дурной пример церковному причту. Созванный 10 февраля 1665 года собор постановил, что митрополит Иона недостоин впредь оставаться местоблюстителем.
Лаврентий Тверской был рукоположен Никоном в 1654 году из патриарших иеродиаконов и ризничих в тверские епископы, через год уже был возведён в сан архиепископа, а после Собора 1666–1667 годов назначен казанским митрополитом.
Александр Вятский, хотя и не одобрявший реформы, поставлен был в своё время Никоном в 1655 году — вместо низверженного и впоследствии убиенного Павла Коломенского на коломенскую кафедру, правда, вскоре, в 1657 году, переведён на менее богатую кафедру — вятскую.
Питирим посвящён в 1656 году в митрополиты Сарские и Подонские, или Крутицкие, из архимандритов Новоспасского монастыря (родного и для Алексея Михайловича, и для Никона), затем (с 1664-го) стал митрополитом Новгородским, а впоследствии — патриархом Московским и всея Руси.
Иосиф — тоже «свой», в 1656 году поставлен в епископа с возведением в сан архиепископа Астраханского и Терского, в 1667 году возведён в сан митрополита. Впоследствии, в 1671 году, был убит в Астрахани участниками Разинского восстания.