В Пафнутьевом монастыре знаменитого узника посещали различные духовные лица, пытавшиеся его увещевать и склонить на сторону реформаторов. Так, 12 сентября приезжали ярославский диакон Козьма и подьячий Патриаршего двора Василий Васильев «из Пушкарей», привозили с собой какие-то «выписки в тетрадях от властей» и долго уговаривали Аввакума принять новую веру. При этом Козьма вёл себя двусмысленно. Вместо того чтобы «вразумлять» протопопа, Козьма всячески поддерживал его, втайне ободряя в следующих словах: «Не отступай ты старого того благочестия! Велик ты будешь у Христа человек, как до конца претерпишь; не гляди на нас, что погибаем мы!»
Всё закончилось тем, что Аввакум написал «духовным властям» «сказку с бранью с большою» и отослал с диаконом и подьячим. 4 декабря прибыл игумен Парфений из Москвы, «морил Аввакума три дни и в стюденой тюрьме держал ево». 30 января вновь приехал диакон Козьма и от имени Павла Крутицкого и Илариона Рязанского вновь уговаривал Аввакума, причём «приходил к нему пьян ночью, хотел извести ево».Келарь Никодим, который в период первого заточения Аввакума в Пафнутьевом монастыре был «добр» к узнику, во время второго его привоза «ожесточал»: «задушил было меня, завалял и окошка и дверь, и дыму негде было итти, — тошнее мне было земляныя тюрьмы: где сижу и ем, тут и ветхая вся срание-сцание; прокурить откутают, да и опять задушат»
. Хорошо зашёл к протопопу добрый человек, дворянин Иван Богданович Камынин, вкладчик монастыря. Покричал на келаря и «лубье и все без указу разломал». С тех пор у Аввакума в темнице хотя бы появилось окно и он мог свободно дышать.Но когда протопоп попросил Никодима открыть дверь темницы в день Пасхи, «Велик день», святой для каждого православного, и посидеть на пороге — келарь отказал, при этом ещё и обругав узника. Вскоре Никодим тяжело заболел: «маслом соборовали и причащали, и тогда-сегда дохнет»
. В ночь со Светлого понедельника на вторник было ему видение: «прииде к нему муж во образе моем, — пишет Аввакум, — с кадилом, в ризах светлых, и покадил ево и, за руку взяв, воздвигнул, и бысть здрав». Исцелённый келарь вместе с келейником, который также был свидетелем этого великого чуда, пришёл к Аввакуму ночью в темницу и сказал: «Блаженна обитель, — таковыя имеет темницы! блаженна темница — таковых в себе имеет страдальцов! блаженны и юзы!» Упав перед протопопом на колени, Никодим просил у него прощения: «Прости, Господа ради, прости, согрешил пред Богом и пред тобою; оскорбил тебя, — и за сие наказал меня Бог». Аввакум приказал Никодиму и келейнику никому не рассказывать об этой тайне. Однако наутро за трапезою келарь не мог удержаться и поведал о произошедшем чуде всей братии монастыря. К Аввакуму за благословением и молитвой потянулись иноки — «бесстрашно и дерзновенно». Протопоп поучал их от Писания, призывая держаться древлего благочестия, хотя бы «втай». Даже враги его и противники примирились в тот день с ним.Тайно навещали Аввакума в темнице и его сыновья вместе с юродивым Феодором. Спрашивал Феодор: «Как-де прикажешь мне ходить — в рубашке ли по-старому или в платье облещись? — еретики-де ищут и погубить меня хотят»
. Рубашка была единственной одеждой, которую носили люди, взявшие на себя подвиг юродства, и при такой бросавшейся в глаза особой примете Феодору было трудно укрыться от властей, развязавших гонения на юродивых. Если раньше юродивых, всегда особо почитавшихся на Руси, можно было встретить даже за царским столом, то с началом церковной реформы отношение к ним резко изменилось — Никон «юродивых святых бешеными нарицал и на иконах их лика писать не велел».