Хотя Лигарид и принял для видимости православие, он продолжал вести активную переписку с иезуитской конгрегацией «Пропаганда», у которой состоял на жалованье в качестве католического миссионера, и с варшавским нунцием Пиньятелли — впоследствии римским папой Иннокентием XII. Как ловкий дипломат, Лигарид впоследствии вёл в Москве пропаганду унии Русской Церкви с Римом. Польский король Ян-Казимир так обращался к Паисию: «Достопочтенный во Христе отец и свято нам любезный, в благочестивом нашем желании мы имеем ваше преосвященство единственным орудием в соседнем и дружественном нам великом княжестве Московском… Мы ещё и ещё просим ваше преосвященство сообщить всякое своё прилежание в составлении мира и единства латинской и греческой церкви»
и обещал ему при этом «нашу королевскую милость».Изверженный из сана иерусалимским патриархом Нектарием, Лигарид прибыл в Москву в 1662 году по приглашению патриарха Никона для помощи и придания авторитетности его реформам. Однако после падения Никона сразу же от него отвернулся и на Соборе 1666–1667 годов активно помогал царю Алексею Михайловичу расправиться со своим бывшим благодетелем. Характерны взаимные отзывы друг о друге Никона и Паисия Лигарида. Никон утверждал, что Паисий «на развращение святей церкви новые законы вводит: ово от отреченных книг, ово от внешних баснословных блужений», «ложными шпынскими проклятыми книгами»
руководствуется, обращается к нему: «новый раскольниче, а реку — еретиче», «новый Люторе, поругателю евангельский», «безумный раскольниче и преступниче святых отец установленных вечных предел», называет его «лицемером», «человекоугодником», «враждотворцем», «жидовским подражателем». Наконец, бросает в его адрес: «Ты же аще не имеешь, яко ворона, дому, от него взятися древу, но на разбойническом древе достойно тя есть повесити». В свою очередь, Лигарид в беседе с царём замечает о Никоне: «Поистине лучше было бы мне никогда не видать такого чудовища; лучше бы я хотел быть слепым и глухим, лишь бы не слышать его киклопских криков и громкой болтовни»…