Когда соловецкие иноки узнали о том, что Иосиф — сторонник новообрядцев, то под благословение к нему не подошли. 15 сентября 1667 года в Спасо-Преображенском соборе монастыря состоялось заседание «чёрного» собора, на котором присутствовали и миряне. Теперь, после публичного, с участием «вселенских» патриархов, проклятия старых обрядов в Москве на печально знаменитом Соборе 1666–1667 годов, стало ясно, что проводить прежнюю политику игнорирования церковной реформы уже не удастся. Надо было принять определённое и прямое решение. Соловецкий «чёрный» собор категорически отверг новые книги и обряды и отказался признать Иосифа своим архимандритом.
Вдобавок вскрылись ещё кое-какие факты: прибывшие в Соловецкий монастырь архимандриты Варфоломей (бывший) и Иосиф (нынешний, не принятый «чёрным» собором) пытались тайно провезти в монастырь целую ладью вина для спаивания братии.
В день собора Иосифу была вручена общая челобитная о вере, в которой говорилось о бесполезности присылки новых увещевателей и о готовности соловецких иноков стоять насмерть:
И случилось неслыханное: в ответ на смиренные просьбы соловлян 3 мая 1668 года царским указом для приведения в повиновение мятежной обители на Соловки была послана воинская команда. Началась чудовищная по своему святотатству восьмилетняя осада главной православной святыни Русского Севера.
22 июня 1668 года стрельцы под командованием стряпчего Игнатия Волохова высадились на Соловецком острове. Иноки заперлись в обители, причём на одном из общих собраний предложили всем колеблющимся братьям, а также мирянам заблаговременно удалиться из монастыря. Таких оказалось немного — около сорока человек. Остальные, числом до полутора тысяч человек, решили стоять насмерть за старую веру и
Целых четыре года Волохов со стрельцами стоял под монастырём, весной и летом «разныя озлобления… творяше», обстреливая его из пушек и пищалей. Осенью же отходил к берегу, в Сумской острог, не давая выходить из монастыря, приказывая хватать служебных старцев и слуг и после различных мучений предавать смерти. Однако местное население активно помогало осаждённым инокам, поставляя в монастырь необходимые съестные припасы и уведомляя о военных приготовлениях к осаде. Да и сами стрельцы, набранные в основном из жителей северных городов, неохотно участвовали в блокаде святого места. Ладьи с солью, рыбой и хлебом, направлявшиеся из района Сумского острога в Архангельск, постоянно «сбивались с пути» и приставали к Соловецким островам. Летом 1670 года Волохов разослал во все соловецкие усолья «наказные памяти», угрожавшие смертной казнью «безо всякого милосердия и пощады» за поездки в монастырь и письма туда. Но и это не помогло. Поморы не прекращали поддерживать осаждённый монастырь. В результате Волохов, «ничтоже успев», царским указом был отозван в Москву.
Вместо нерешительного Волохова на разорение Соловецкой обители в 1672 году Тишайший послал сотника московских стрельцов Климента Иевлева, человека лютого и немилостивого. К прежним 225 стрельцам было прибавлено ешё 500. За два года Иевлев сотворил «зельнейшую тесноту» и «горчайшую нужду» святому месту: пожёг вокруг монастыря все келии, «устроенные для упокоения иноков», скотный двор вместе с животными, находившийся на острове Большая Муксалма, рыболовецкие снасти, тем самым пытаясь взять затворников измором. Но жестокий сотник принял за свои злодеяния справедливую кару от Бога: «поражён язвою согнития» и в болезненных страданиях взят в Москву.