В 1674 году «пришёл под киновию» новый воевода Иван Мещеринов «и с ним воинов тысяща триста… со многими стенобитными хитростьми»
. При этом Мещеринову от царя был дан строгий указ: «И как к тебе ся наша великого государя грамота придет, и ты б по прежнему и по сему нашему великого государя указом, над соловецкими мятежники чинил промысл с великим радением, а с Двины ратные люди к тебе посланы; и как к тебе, против сего нашего великого государя указу, ратные люди соберутся, и ты б потому же чинил над мятежниками радетелной промысл и был на Соловецком острове безотступно, чтоб их мятеж искоренить вскоре; и ты б работных людей, которых ты взял с собою для малолюдства, отпустил в Сумской острог, а оставил бы у себя кормщиков сколько надобно; и буде ты учнеш над мятежниками чинить нерадетелной промысл, и тебе за то быть от нас великого государя в смертной казни без всякия пощады».При этом «неблагонадёжные» стрелецкие начальники были заменены «новокрещёными иноземцами» рейтарского строя (майор Келин, ротмистр Буш, поручики В. Гутковский и Ф. Стахорский). Царь прекрасно понимал, что сердце пришлых наёмников, с трудом изъяснявшихся по-русски и крестившихся, как правило, в корыстных целях, не дрогнет перед осквернением православной святыни. «Обитель неблагодарно восхоте разорити и собра рать… богоборну и злочестиву, немца и поляков»
.Теперь, когда прибыли настоящие специалисты военного дела, осада монастыря стала вестись по всем правилам военного искусства того времени. Близ неприступных крепостных стен построили городки и шанцы, и обстрел монастыря стал постоянным и целенаправленным. Одновременно под три монастырские башни велись подкопы.
Но, несмотря на жестокую осаду, соловецкие иноки продолжали богослужения. Отчаявшись в помощи и милости человеческой, «с горькими слезами и воплем» просили они помощи и заступления у Бога, Пречистой Владычицы Богородицы и преподобных Зосимы и Савватия. Молитвами и слезами и «дненощенными богостоянии противу ратных вооружахуся»
. В обители пелось по два молебна каждый день, чтобы солдаты не поимели «дерзновения внити во ограду монастыря».И тогда произошло настоящее чудо: «премилостивый Господь, близ всем призывающим И
(Его. — К.К.) воистину, посла на ня (них. — К.К.) мор великий, знамениями язв являемый». За три-четыре дня умерло около семисот человек. Испуганные этим знамением, многие из оставшихся в живых стрельцов постригались в иночество и покаянием очищали свои души. Незримое заступничество преподобных отцов Зосимы, Савватия и Германа ограждало обитель от многих приступов и пушечных выстрелов.Веру соловецких иноков укрепляли и иные многие чудеса, происходившие в то время в богоспасаемой обители. Об одном из них пишет протопоп Аввакум: