Вместе с тем сам иерусалимский патриарх допускал крайнюю вольность в отношении церковных таинств и обрядов. Он допускал такие поступки, которые явно свидетельствовали о заражённости греческой иерархии всевозможными латинскими заблуждениями. Так, возвращаясь из Москвы, Паисий остановился в Киеве, где торжественно отслужил литургию в присутствии Богдана Хмельницкого. Когда наступило время причастия, патриарх пригласил причаститься и малороссийского гетмана. Богдан Хмельницкий отказывался, говоря, что не был на исповеди. Тогда Паисий принародно разрешил его от всех грехов — как настоящих, так и будущих — и сказал:
В свите патриарха Паисия в Москву прибыл рекомендованный им в качестве переводчика и учителя знаменитый авантюрист Арсений Грек — личность весьма одиозная. Арсений родился около 1610 года: согласно одним источникам, в Солуни, по его же собственным словам — в турецком городе Трикале. Когда ему исполнилось 14 лет, старший брат его, архимандрит Афанасий, отвёз его в Венецию для обучения грамматике. Далее он продолжил своё обучение в иезуитской коллегии в Риме. Впоследствии, находясь в ссылке на Соловках, Арсений признался, что во время пребывания в папской столице он переменил веру, иначе бы его не приняли в римское училище. Позднее он в течение трёх лет обучался в Падуанском университете философским и врачебным наукам. Закончив своё обучение, Арсений вернулся на родину. Однако братья заподозрили его в отступничестве от православия, и тогда он торжественно проклял католическую веру и в 23 года принял монашество.
Некоторое время он был игуменом на острове Кяфе, затем жил у валахского воеводы Матвея и молдавского Василия. Прожив у последнего два года, Арсений отправился в Киевскую академию, которая пользовалась тогда громкой славой в качестве духовно-просветительского центра Юго-Западной Руси, надеясь получить преподавательское место, но по пути узнал, что туда не принимают без разрешения польского короля. Тогда он поехал в Варшаву. Здесь он был принят королём Владиславом IV и даже будто бы излечил его от каменной болезни, за что получил грамоту к киевскому митрополиту Сильвестру Коссову. В Киеве состоялось его знакомство с патриархом Иерусалимским Паисием, которому он очень понравился своим умом и разносторонним образованием. Патриарх взял Арсения в Москву и на время своего пребывания там зачислил в штат своей патриаршей свиты в качестве «патриаршего уставщика».
После отъезда Паисия из Москвы Арсений Грек остался здесь по приглашению царя Алексея Михайловича,
Получив донесение патриарха, царь велел князю Н.И. Одоевскому и думному дьяку М. Волошенинову провести допрос Арсения. Тот во всём запирался: