После многолетнего пребывания в тропиках сын гамбургского сенатора Альбрехт Фробен (Карл Раддац) возвращается к себе домой. Изменения, которые он застал, пугают главного героя. Люди живут в каком-то подавленном настроении. В доме своего дяди он встречают бывшую невесту Октавию (Ирена фон Майендорф). В сцене встречи она играет лирический ноктюрн Шопена. Сам дядя между тем великолепным летним утром при закрытых ставнях цитирует Ницше. В это время бьют старые часы. Альбрехт замечает, что на них написано: «Одно из этих мгновений станет твоим последним». Главный герой находит подобную обстановку невыносимой, а потому выбегает на свежий воздух, поближе к реке. Здесь видит молодую пловчиху (Кристина Зёдербаум), которая напоминает русалку. Несколько позже Альбрехт узнает от Октавии, что «русалку» зовут Эльс, что она приехала из Финляндии и что она живет в соседнем доме. Альбрехт знакомится с девушкой и влюбляется в нее. По своему характеру Эльс более открытая и веселая, нежели замкнутая и неприступная Октавия. Но это не мешает девушкам дружить. Безрассудная и темпераментная Эльс не хочет связывать свою судьбу с Альбрехтом. Она тяжело больна. Ее цветущий вид – это печальная шутка природы. И здесь возникает убедительный символ. Когда Эльс меряют пульс, раздается ритмичное тиканье часов. Они как бы говорят о том, что никто не вечен. Болезнь девушка унаследовала от матери (мотив материнского «проклятия», от которого стремится избавиться главная героиня, сопровождал Кристину Зёдербаум с ее первого фильма). Эльс хочет жить, а приближение смерти только добавляет ей жизнелюбия. У нее есть маленькая дочь. Главная героиня боится, что смертельная болезнь передастся и ей, а потому делает все возможное, чтобы этого не произошло.
Между тем Альбрехт женится на Октавии, и они уезжают в Рейнланд. Однако тоска по родине заставляет обоих вернуться обратно в Гамбург. Эльс еще жива, но состояние ее ухудшилось. Альбрехт чувствует свою вину. Эльс говорит ему: «В разлуке мы чахнем, как цветы без солнца». Теперь, когда героиня Кристины Зёдербаум увидела своего возлюбленного, она вновь жизнерадостна. Но даже в самые счастливые моменты она предпочитает говорить о смерти. Она отдала свою дочку в приемную семью, чтобы та не видела смерти. Однако выясняется, что в городских кварталах началась эпидемия холеры. Октавия убеждает мужа забрать девочку и увезти ее в безопасное место. Альбрехт делает это, но сам заражается холерой. Теперь он не может подавать смертельно больной Эльс сигнал под окнами, который дарил умирающей девушке радость. Октавия переодевается в мужскую одежду и сама дает этот сигнал. Эльс не замечает «подлога».
В первоначальном проекте сценария Харлан хотел, чтобы Эльс все-таки выжила, поддерживаемая этими сигналами, в то время как заболевший холерой Альбрехт – умер. Но Геббельс придерживался иного мнения. Он полагал, что брак Альбрехта и Октавии должен был сохраниться, а Эльс должна была умереть. Смерть женщины, которая чуть было не стала виновницей распада семьи, по мнению министра пропаганды, оказала бы не столь отрицательное влияние на настроение зрителей. «В конце концов, с воспитательной точки зрения так лучше не только для фронта, но и для тыла». Видимо, Геббельс не мог забыть, как сам чуть было не развелся с женой из-за Лиды Бааровой.
В «Жертвоприношении», как и во многих других фильмах, смерть героини Кристины Зёдербаум оказалась связана с водной стихией. Ее прах был развеян над морем. Кроме этого, образ Эльс воплощается в розе, которую Октавия бросает в воду. Именно этот цветок Эльс часто держала в руках во время встреч с Альбрехтом.
Несмотря на то, что концовка «Жертвоприношения» была изменена в соответствии с пожеланиями Геббельса, фильм все равно остался глубоко меланхоличным. Вскоре «Жертвоприношение» стал любимым фильмом Геббельса. Его копия имелась в его частной коллекции, а потому он пересматривал его не один раз, каждый раз философски рассуждая о смерти. Но при этом всем «маленький доктор» не спешил выпускать киноленту на экраны. Харлан ожидал публичной премьеры фильма долгие 13 месяцев. Она состоялась 8 декабря 1944 года в Гамбурге, когда всем было понятно, что режим доживал свои месяцы. Интересно, что фильм стал открытием не только в Германии. В Цюрихе за первые три недели проката «Жертвоприношения» киноленту посмотрело более 50 тысяч человек!