Впрочем, интрига началась многим раньше. Все началось еще 11 февраля 1915 года, когда на Севастопольский вокзал прибыл императорский поезд Николая II, совершавшего вояж по южным губерниям и пожелавшего «лично видеть боевую работу нашего флота и славных моряков-севастопольцев». На перроне царя встречали морской министр генерал-адъютант Григорович, товарищ министра внутренних дел генерал-майор свиты Джунковский, командующий флотом Черного моря адмирал Эбергард и другие. Приняв рапорт командующего флота и хлеб-соль горожан, государь на катере отправился на внутренний рейд, обошел корабли эскадры и посетил линкор «Ростислав» и крейсер «Кагул».
Накануне визита в феврале 1915 году императора Николая в Крым адмирал Григорович пригласил командующего Черноморским флотом Эбергарда в великокняжеский дворец и официально сообщил ему, что в штабе Верховного главнокомандующего и в столичных «высших сферах» недовольны начальником штаба флота контр-адмиралом Плансоном и особенно флаг-капитаном по оперативной части капитаном 1 ранга Кетлинским. Последний вызывал особую неприязнь министра. Григорович «дружески посоветовал» командующему флотом согласиться на замену своих ближайших помощников, назвав даже их будущих преемников. Однако такое предложение не соответствовало представлениями Эбергарда о служебной этике. Он категорически отказался снимать с должностей своих проверенных соратников, заявив, что всю ответственность за положение дел на флоте несет он лично.
Более того, делая вскоре императора доклад о положении дел на вверенном ему флоте, Эбергард посчитал необходимым внести в затеваемую интригу полную ясность и рассказал императору о сделанном ему министром предложении.
Из воспоминаний капитан 1 ранга Н.Р. Гутана: «Андрей Августович (Эбергард – В.Ш.) на разрешение Государя говорить, в присутствии оставшегося в салоне морского министра, доложил следующее: «Я имею сведения, что в Ставке недовольны деятельностью моего начальника штаба и флаг-капитана, и мне предлагают их сменить. Но за боевую деятельность флота, Вашим Величеством мне вверенного, отвечаю я один. И если это недовольство действительно существует, я Всеподданнейше прошу Ваше Величество меня заменить, и ради блага России и пользы флота буду считать это Высочайшей мне милостью». Государь был удивлен и спросил А.А., откуда у него эти сведения. А.А. ответил: «Мне сообщил это Генерал-Адъютант Григорович». Тогда Государь, обернувшись к Адмиралу Григоровичу, спросил морского министра, откуда он это знает, и прибавил: «Я только что сам был в Ставке, и Великий Князь мне ничего по этому поводу не говорил». Адмирал Григорович ответил, что об этом много говорят в Петербурге. На это Государь возразил: «Иван Константинович, нельзя же всякому вздору верить». И, обращаясь к А.А., прибавил: «Я вполне вам доверяю и доволен вами и деятельностью флота, о чем можете объявить в приказе». Вопрос был исчерпан, а флот на следующий день снова вышел в море».
Капитан 1 ранга В.М. Альтфатер, перебравшийся в Морской отдел Ставки и заведовавший там балтийскими делами, усиленно продвигал Непенина, рассчитывая, видимо, в дальнейшем на поддержку этого бесхитростного и порядочного человека. Хотя, как считал Тимирёв, более подходящим кандидатом на пост командующего Балтийским флотом был Колчак. Черноморским направлением в Ставке заведовал капитан 1 ранга А. Д. Бубнов, в будущем – известный теоретик и историк военно-морского искусства. Он-то и продвигал туда своего друга Колчака.