Ушаков умер в возрасте 72 лет в деревне Алексеевка (ныне Темниковского района республики Мордовия). Он был похоронен близ г. Темников в Рождество-Богородицком Санаксарском монастыре. (Он был племянником почитаемого старца Феодора Санаксарского.) Гораздо позже именем Ушакова назвали бухту в юго-восточной части Баренцева моря и мыс на северном побережье Охотского моря. Имя Ушакова носили боевые корабли русского и советского Военно-морского флота. В 1944 г. были учреждены военный орден Ушакова двух степеней и медаль. В 2004 г. Ф.Ф. Ушаков был канонизирован. После того как в Саранске построили и освятили (2006 г.) новый 9-купольный, очень высокий (63 м) и красивый, на 3 тысячи верующих, собор, в него перенесли из Рождество-Богородицкого Санаксарского мужского монастыря часть святых мощей Ф.Ф. Ушакова.
Николо-Богоявленский Морской собор зримо напоминает о значимых морских баталиях: о победном Чесменском бое (1740 г., см. § 3.9) и трагическом Цусимском сражении (1905), произошедшем в ходе Русско-японской войны 1904–1905 гг.
Цусимское сражение – одна из крупнейших морских битв в мировой истории и последнее сражение эпохи броненосных кораблей. После него дальневосточные рубежи России лишились защиты от агрессии с моря, японцы захватили остров Сахалин, угроза нападения нависла над слабозащищенным российским Приморьем.