История собора во имя Святого Апостола Андрея Первозванного оказалась связанной с земной жизнью двух особо почитаемых русских святых: блаженной Ксении Петербургской (в первом возведенном здесь соборном храме она познакомилась со своим будущим мужем А.Ф. Петровым, часто молилась здесь) и протоиереем Иоанном Кронштадтским (многократно бывал здесь и служил). Процесс создания, жизни этого храма был тесно связан с членами царского Дома Романовых: инициатива создания храма принадлежит Петру I, первую деревянную церковь построили (1729–1731) по указу императрицы Екатерины I; следила за продолжением строительства и пожертвовала средства на облачения священнослужителей и церковную утварь императрица Анна Иоанновна; при императрице Елизавете Петровне храм стал соборным (1744); император Павел I придал (1797) храму статус кавалерского или орденского (собор Кавалеров Ордена Святого Андрея Первозванного – высшей награды Российской империи со времен Петра I, первый орден, учрежденный им).
В 1761 г. деревянный Андреевский собор сгорел от удара молнии. В 1764 г. заложили новый, каменный, собор, но в 1766 г. незавершенный собор обрушился из-за низкого качества строительных материалов. Возведение храма продолжилось по проекту выпускника Академии художеств А.А. Иванова и в основном завершилось в 1768 г.; в 1780 г. собор полностью освятили. В 1857–1858 гг. росписи и иконы центрального иконостаса были возобновлены или написаны заново по чертежам, рисункам и под контролем архитектора А.М. Горностаева. В ограде храма были возведены две часовни (1798, 1877 гг.). Первая из них стояла на месте, где с XVIII в. располагалось кладбище, на котором были похоронены известные люди, в том числе сенатор Я.Ф. Долгорукий, княжна и «ея величество государыня-невеста» императора Петра II – Екатерина Алексеевна Долгорукая. При соборе действовали «Благотворительное общество вспоможения бедным прихода Андреевского собора в Петербурге» (с 1869 г.), при котором были открыты приют для девочек-сирот (1871), приют для мальчиков-сирот (1899), приют «Общество в память Струйских» для неизлечимо больных женщин, приют-богадельня для престарелых женщин, небольшая больница. Общество содержало бесплатные квартиры и дешевые комнаты для бедных прихожан. При храме с 1901 г. работала церковно-приходская школа для детей из приютов Общества. С 1915 г. работало миссионерское общество. Верным прихожанином собора и щедрым благотворителем был знаменитый русский географ П.П. Семенов-Тян-Шанский (1827–1914); в связи с этим в наши дни этот собор мог бы стать еще и главным храмом православных географов Петербурга, способствовать их общению, взаимной помощи и поддержке. До 1922 г. при соборе действовали Андреевский детский союз и Андреевское братство.
Жизнь собора после 1917 г. была омрачена деятельностью «обновленцев». Собор закрыли в 1938 г.; его ценности конфисковали в 1922, 1972–1981 гг. С конца 1940-х годов в здании собора разместили проектный институт ЛенМорНИИпроект (работы в его опытной лаборатории с моделью Невской губы нанесли ощутимый урон собору). Затем в здании собора разместили фонды Музея антропологии и этнографии им. Петра Великого. В 1990 г. собор частично был передан верующим, в 1992 г. он стал их полной собственностью. Собор во имя Святого Апостола Андрея Первозванного запоминается своими размером и формами (его высота около 45,5 м), стройной колокольней, интересным резным иконостасом XVIII в.
Посещая это место, этот собор, нужно особо вспомнить имеющую отношение к ним всенародно любимую святую Ксению Петербургскую, которая именно в этом соборе познакомилась с полковником Андреем Федоровичем Петровым, который стал ее мужем. Полезно вспомнить и то, что по церковным правилам у жены (мужа) всегда и во всех ситуациях на первом месте пребывает именно муж (жена), только потом идут престарелые родители и дети (об этом нужно не забывать ради надежного взаимопонимания с супругом/супругой, мира и благополучия в семье, долгой и счастливой семейной жизни и особенно, когда в семье появляется первенец и рождаются следующие дети).