Поскольку в народе помнили и гордились победой в Чесменском сражении (начавшейся в праздник Рождения святого Иоанна Предтечи), после освящения (1778) этой церкви дворец и церковь стали называть Чесменскими. В 1769 г. в России Екатериной II был основан орден в честь Святого Великомученика и Победоносца Георгия для отличия офицеров за заслуги на поле боя, и церковь стала храмом этого ордена. Екатерина II в этот храм ежегодно приезжала на храмовый праздник и масленицу. В храме для нее было устроено особое царское место. После службы устраивали пышный обед, летом – катание на лодках, зимой – катание в санях, гремели музыка и фейерверки, устраивались ярмарки. Император Павел I, который стал великим магистром Мальтийского ордена, передал Чесменский дворец правлению этого ордена, тогда мемориальное значение дворца и церкви несколько потускнело. Император Александр I помнил о Чесменской победе и почитал георгиевских кавалеров, для которых в Чесменском дворце устроил (1812) зимний (теплый) храм, поскольку церковь Рождества Иоанна Предтечи была летней. Орден Святого Георгия выделялся своим статусом среди других российских орденов как награда за личную доблесть в бою и особые заслуги, за которые офицер мог быть удостоен столь высокой награды (после переворота 1917 г. орден Святого Георгия упразднили, с 2000 г. орден Святого Георгия – высшая военная награда Российской Федерации). В 1830 г., при императоре Николае I, в Чесменском императорском дворце устроили богадельню военных инвалидов, с удовольствием посещавших не только храм при богадельне, но и Чесменскую церковь, напоминавшую им и об их военной молодости.
В 1919 г. военную богадельню закрыли, в Чесменском дворце разместили первый в Советской России лагерь принудительных работ – концлагерь «Чесменка», закрыли церковь Рождества Иоанна Предтечи и разместили в ней склад (в 1930 г. сгорел уникальный иконостас, выполненный по проекту Ю.М. Фельтена). В 1946 г. дворец передали Ленинградскому институту авиаприборостроения (теперь – Аэрокосмическая академия). В 1970-е годы в здании Чесменской церкви открыли филиал Центрального военно-морского музея, филиал назвали «Чесменское сражение».
Возрождение церкви Рождества Иоанна Предтечи как религиозного центра началось в 1990 г., в 1998 г. храм освятили. Одно крыло Чесменского дворца отдали под нужды прихода. На месте срытого кладбища при Чесменской церкви сохраняются захоронения участников войн XIX – начала ХХ в. (надгробия утрачены), красноармейцев, блокадников и защитников Ленинграда в период Великой Отечественной войны 1941–1945 гг.
Чесменская церковь поражает своими архитектурными формами, она возведена в необычном стиле «русской готики». Красно-малиновое здание с белым декором, с немногочисленными удлиненными окнами почти не имеет ничего общего с традиционными русскими православными храмами. Тем не менее церковь очень красивая и благодаря своим ярко характерным отличительным чертам четко остается в памяти.
Вспоминая эту церковь, думаем о Чесменском сражении и ее самом известном герое – графе А.Г. Орлове, размышляем над его судьбой.