Дарий быстро понял, какие тут могут быть последствия и сразу же послал к Гистиэю вестника с приглашением явиться ко двору и стать царским советником.; Гистиэй поверил этому и с радостью прибыл в Сарды, где царь встретил его с такой речью: «Гистиэй! Послал я за тобою вот почему. Как только я возвратился из Скифии и ты пропал с моих глаз, я вскоре почувствовал, что больше всего жалею о твоем отсутствии и о том, что не могу беседовать с тобой. Я убежден, что высшее благо на земле — это мудрый и верный друг. То и другое я обрел в тебе, и моя судьба подтверждает это. Итащ хорошо ты поступил, придя ко мне, и я предлагаю тебе вот что: оставь Милет и вновь основанный город во Фракии, иди со мною в Сузы и там разделяй со мною как мой сотрапезник и советник все, что у меня есть» (V, 24).
Быть сотрапезником царя — это величайшая честь, огромные привилегии. Но для Гистиэя сотрапезничество оказалось золотой клеткой. Он быстро понял это и стал искать выход из положения. Его хитрый, изворотливый ум подсказал такой путь: поднять в Милете восстание против персов, рассчитывая на то, что Дарий отпустит его навести там порядок.
И Гистиэй послал верного слугу к Аристагору, своему зятю и двоюродному брату, который стал после него правителем Милета, с призывом к восстанию.
Восстание вспыхнуло в Милете и быстро распространилось по всей Ионии. Так началось известное ионийское восстание против персидского господства. Вот — поистине непредсказуемые повороты судьбы. На переправе через Истр Гистиэй из-за своих личных интересов, можно сказать, собственными руками задушил возможность освободить Ионию от господства персов. И теперь он же, и опять-таки из-за своих сугубо личных интересов, задумал восстание против Дария!
Гистиэй рассчитал все очень точно. Дарий отпустил его в Ионию восстановить там спокойствие. Стараясь усыпить бдительность царя, хитрец обещал подчинить Дарию огромный остров Сардон.
Высвободившись из почетного плена, Гистиэй поспешил из Суз в Сарды. А там Артафрен, сатрап Сард, спросил его, отчего восстали ионийцы. Гистиэй, конечно же, поспешил ответить, что ничего не знает и даже удивлен. Артафрен, поняв его притворство, как сообщает нам Геродот, весьма красноречиво сказал: «С мятежом дело обстоит, Гистиэй, вот так: сшил эту обувь ты, а надел ее Аристагор» (VI, 1).
Боясь, что его обман раскрыт, Гистиэй в ту же ночь бежал из Сард. И прежние планы его изменились. Вместо того, чтобы наводить порядок в Ионии и завоевывать Дарию остров Сардон, он решил стать во главе ионийского восстания. Аристагор к тому времени погиб в одном из боев.
С этими планами Гистиэй прибыл на остров Хиос. Хиосцы заподозрили, что он прибыл сюда по поручению Дария, чтобы совершить переворот в городе. Но потом они освободили его.
Когда ионийцы спросили Гистиэя, почему он так настойчиво призывал Аристагора восстать против Дария и «этим навлек страшную беду на ионян», тот скрыл истинную причину и ответил, что Дарий задумал переселить финикийцев в Ионию, а ионийцев — в Финикию. Этим вымыслом он рассчитывал напугать ионийцев.
Затем Гистиэй отправил тайные послания в Сарды, надеясь поднять там восстание. Ио заговор был раскрыт Артафреном, многие его участники казнены.
Тогда Гистиэй отправился в Милет. Но милетяне, избавившиеся от Аристагора и вкусившие радость свободы, не впустили в город новоявленного тирана. Ночью он попытался силой войти в свой родной город, но был ранен. И пришлось ему вновь возвращаться на Хиос. Однако хиосцы отказались дать ему корабли.
Отсюда он отправился в Митилену и там уговорил лесбосцев выделить ему восемь триер. Снарядив их, Гистиэй с митиленцами отплыли к Боспору Фракийскому, заняли у Византия удобную позицию и стали захватывать идущие из Понта грузовые корабли.
А в то время персы двинули на Милет огромное войско и большой флот. После ожесточенных сражений на море и на суше, длительной осады Милет пал. Произошло это, как отмечает «отец истории», на шестой год после начала восстания (VI, 18). Ионийцы поднялись против персов в 499 г. до н. э. Следовательно, Милет был захвачен где-то в 494 г. Город был разрушен и разграблен, жители угнаны в рабство. Бывшая жемчужина Ионии превратилась в руины.
Весть о событиях в Милете застала Гистиэя у Византия. Он снарядил лесбосские корабли и поплыл к Хиосу. Но его не пустили в город. Тогда он напал на хиоссцев, перебил многих из них, затем одолел остатки хиосского флота, уцелевшие после битвы с персами у Милета.