Весной 1856 года к иссык-кульским киргизам царским правительством была направлена экспедиция полковника Хоментовского. Перед экспедицией начальством ставилась чисто административная задача близкого ознакомления с киргизами, за год до этого добровольно ставшими подданными Российской империи, и съемки их земель. Естественно, что эти цели были далеки от тех научных задач, которые ставил перед собой казахский ученый. Царский поручик, член экспедиции Чокан Валиханов мог спокойно заниматься определением численности населения, наличного количества скота, помогать или руководить работами по съемке местности, собирать другие данные, предписанные в программе экспедиции, и с чувством исполненного долга вернуться в Омск и продолжать службу в приемной Гасфорта. Во всяком случае тем, кто снаряжал экспедицию, ни до какого «Манаса», ни до какой истории киргизского народа дела не было. Следовательно, научный труд о киргизах явился следствием личного творческого импульса беспокойного и любознательного гения. Ехал ли Чокан с заранее составленной программой дотошно научно изучить свой край или такая программа выработалась в ходе экспедиции по мере знакомства с киргизами? Можно наверняка утверждать, что было именно последнее, ибо история науки показывает, как, за редкими исключениями, получалось мало путного, когда человек с даром божьим размышлять, сопоставлять и находить незримые для обычного глаза связи явлений начинал работать по заранее намеченной программе и как самые неожиданные и выдающиеся откровения приходили к ученому там, где он, вольно следуя интуиции, отходил в исследованиях от намеченного. Трудно предположить, чтобы такая творческая личность, как Чокан Валиханов, с педантизмом посредственности запланировал открытие для науки киргизов, Киргизии и «Манаса». Естественно, что он ехал в край сопредельных племен с жаждой увидеть новое, познать людей, их жизнь, нравы и обычаи. Но как обернется это познание, он вряд ли представлял. Вряд ли представлял то очарование и тот восторг, которые испытывал он, слушая «Манас», и ту творческую взволнованность, которая овладела им при раздумьях над содержанием «Манаса» как народного научно-исторического источника. Именно этой творческой взволнованностью можно объяснить те напряженные и кропотливые поиски, которые продолжал Валиханов после окончания путешествия, роясь в литературе и омских архивах и привлекая к этому делу друга Григория Потанина. От литературной и архивной работы он снова обращался к живым народным источникам, продолжая изучать киргизский народ и его страну при поездке на Иссык-Куль в следующем, 1857 году с целью подготовки Кашгарской экспедиции, а в 1858–1859 годах по пути в Кашгар и обратно, когда ему пришлось углубиться в земли заиссыккульских киргизов.
Работы Чокана Валиханова о киргизах и Киргизском крае, объединенные позднее в объемистый труд «Записки о киргизах» и частью опубликованные при жизни автора в виде «Очерков Джунгарии», являются одним из выдающихся научных достижений первого ученого-казаха. Вместе с тем это — первое крупное научное исследование Чокана, где он во всем блеске показал свою многостороннюю эрудицию и свой громадный исследовательский талант. Чокан оказался подготовленным к этому первому исследованию не только своим общим интеллектуальным развитием, но и постоянным изучением прошлого и настоящего своего родного края, своих родных степей. Материалы по родному краю до поездки Чокана на берега Иссык-Куля еще не оформились в виде цельных научных трудов, они хранились в памяти, в черновых тетрадях и записных книжках, но и в этом виде они оказали бесценную услугу ученому, дав возможность взглянуть на увиденное и услышанное в Киргизии глазами исследователя-творца, имеющего опыт в познании и раскрытии сути фактов и явлений. Научное значение ученых изысканий Чокана Валиханова по Киргизии безошибочно сумел оценить П. П. Семенов-Тян-Шанский, когда, посетив Омск в 1857 году, он ознакомился с материалами, собранными молодым казахом за двухмесячное пребывание на Иссык-Куле, и, несмотря на то что эти материалы были еще не полными, большею частью черновыми, великий географ по приезде в Петербург смело рекомендовал никому еще не известного юношу-ориенталиста из Омска в члены очень авторитетного в то время объединения ученых — императорского Русского географического общества. Действительным членом этого общества Чокан был избран 21 февраля 1857 года.
Чокан по своему характеру не был сторонником душевных излияний, свои внутренние эмоции он не считал нужным делать достоянием даже самых близких. В своих трудах, связанных с изучением Киргизии и киргизского народа, он старается придерживаться лишь фактов. Он редко выдает свое отношение к ним, когда это выходит за рамки научного анализа и осмысления. Но по всему видно, что он очень полюбил киргизский народ. Иначе почему он с такой любовью и с таким тщанием создает портреты манапов Бурамбая и Сартая, мальчика-киргиза, киргиза в пестром халате, жанровый рисунок с тремя женщинами-киргизками?