В весну 1864 года, когда показалось, что он достаточно здоров, Чокан выехал в Верный (Алма-Ату), чтобы служить в отряде Черняева, направленного против Кокандского ханства. Г. Н. Потанин писал впоследствии: «Подступив к Пишпеку (то есть Аулие-Ате, Потанин здесь ошибся. —
Разочарованный, больной, разбитый нравственно и физически Чокан Валиханов вернулся в аул дальнего родственника султана Тезека (возле Алма-Аты) и здесь весной 1865 года скончался. Чокан умирал, а бдительное начальство решало его судьбу по-своему, по-царски… 8 апреля 1865 года военный министр генерал-адъютант Милютин положил на соответствующий рапорт начальника генерального штаба резолюцию: «Перевести в один из кавалерийских полков по выбору самого штаб-ротмистра Валиханова. Генерал-лейтенант Хрущев мог бы ныне же прислать его сюда курьером». В рапорте имелся в виду один из кавалерийских полков, размещенных во внутренних губерниях России. Может быть, Чокан вовремя умер, иначе быть бы ему пассажиром в той курьерской тройке, о которой писал Н. А. Некрасов:
Только для Чокана, по велению начальства, бедный Макар телят своих должен был погнать не в Сибирь, как обычно, а в обратную сторону. Трудно представить, что бы было с Чоканом, если бы он попал в полк, где служил, скажем, старший Карамазов. Это было бы погребением заживо, ибо те, кто готовил Чокану это иезуитское наказание, знали, что значит оторвать Антея от родной почвы — любимых степей, омских и петербургских друзей, архивов и библиотек. И, может быть, его смерть была в этих условиях меньшим злом. Хотя мы знаем, что даже упокоившийся, мертвый Пушкин был сослан в сопровождении жандармов в Псковскую губернию.
Чокан любил свой народ. Эта любовь приносила ему радость и отраду. Он был образованнейшим человеком своего времени, полным благородных устремлений. Он был первым казахом, который не сюсюкал подобострастно о преданности великому белому царю и не гнул уничижительно спину при упоминании о «благодеяниях» генерал-губернатора: он был первым казахом, который во всеоружии научных достижений своего времени, с достоинством рассказал русскому обществу о своих степях, о том, что добровольная близость казахов к России, к русскому народу есть исторически оправданная потребность истинного прогресса, что казахский народ жаждет ускорения цивилизующей роли русских на основе дальнейшего укрепления дружбы и братства между двумя народами. Это и было то святое дело, на которое указывал Чокану Федор Михайлович Достоевский на заре их дружбы и которое стало жизненной целью его друга-казаха.
Ханы, султаны и другие властители, обуреваемые страстью к безраздельному господству, находясь в плену зависти и раздоров, постоянно сопровождавшихся кровопролитиями и народными несчастьями, редко когда выражали своими действиями надежды, желания и чаяния народа. Когда в 1831 году трусливый и двуличный хан Младшей Орды Абулхаир под натиском народа подписал акт о вхождении подвластных ему кочевий в состав Русского государства, он считал, как показали дальнейшие события, это лишь временной уловкой для сохранения власти. Точно так же думал подписавший акт позднее более смелый, более ловкий, но не менее двуличный хан Аблай. Но народ, вкусивший благодетельный плод дружбы с великим соседом, решал по-своему. Народу оставалось родить такого сына, который словом и действиями высокообразованного человека показал и доказал всему миру, что будущее его родного племени не может продолжать быть предметом меновой торговли между властителями ради удовлетворения их непомерно алчного честолюбия, что оно, это будущее, должно определяться самим народом в его стремлении к добру и справедливости. Таким сыном народа явился Чокан Валиханов. Главной его исторической заслугой является то, что он всей своей жизнью и деятельностью продемонстрировал ту истину, что близость и дружба с великим русским народом есть единственный путь к приобщению казахского народа к цивилизации, раскрытию его выдающихся интеллектуальных возможностей для духовного и материального созидания на уровне самой высокой культуры и сохранению национальной самобытности.
Он был первым, кто логически и научно доказал эту историческую необходимость и справедливость. Великие сыны народа, такие, как Абай Кунанбаев и Ибрай Алтынсарин, подхватили и продолжили великое дело сближения двух народов, начатое Чоканом Валихановым.