Любопытно отметить, что фактически руководя всей работой органов НКВД-МВД-МГБ республики, Багиров, как показал Емельянов, письменных указаний об аресте того или иного лица никогда не давал — им делались только устные распоряжения. Малейший намёк на необходимость сделать письменное распоряжение вызывал у Багирова гнев, и этот намёк расценивался как проявление недоверия к нему — представителю ЦК ВКП/б/. Тот же Емельянов в суде заявил: «Фактически Багиров был министром и внутренних дел, и государственной безопасности, а мы с Якубовым (в то время министр внутренних дел АзССР) были простыми исполнителями. Он вникал в нашу работу буквально до мелочей».
Действительно, так и было. Багирову было с кого брать пример.
Как это следует из показаний Емельянова, Багиров внимательно относился к подбору работников в НКВД Азербайджана, направлял туда тех, на кого он мог положиться, будучи уверенным в том, что любые его указания исполнятся беспрекословно. Так, Багиров направил на работу в наркомат внутренних дел судей Верховного Суда республики, которые в прошлом рассматривали дела о контрреволюционных преступлениях. Председатель же Верховного Суда Керимов был назначен заместителем Емельянова и ведал следственной работой. Таким путём Багиров стремился связать сотрудников НКВД и судов воедино, чтобы в дальнейшем не возникало никаких проблем в расследовании и рассмотрении дел в отношении «врагов народа».
В ходе судебного разбирательства было установлено, что если арестованный давал показания, изобличавшие в совершении преступлений лиц, занимавших высокие посты в партии и государстве, то эти показания в протокол сразу не вносились, а докладывались сначала Багирову, и уже от его решения зависело, вносить ли эти показания в официальный протокол допроса. Тем самым ещё раз подтверждается, что всей деятельностью чекистских органов фактически руководил Багиров. Поэтому его утверждение в суде, что он не знал о творившемся в этих органах беззаконии, прозвучало крайне неубедительно.
Как уже отмечалось, Багиров активно расправлялся с теми, кто хотя бы в малейшей степени выражал недовольство его действиями и действиями Берии, либо высказывал критические замечания в их адрес.
В этой связи можно сослаться на судьбу работника АзНКВД Нодева, который плохо отозвался о Берии, как о чекисте. Это не прошло мимо Багирова. Выступая 25 декабря 1936 г. на заседании Бюро ЦК АКП/б/, он сделал следующее заявление: «К вашему сведению, борьбу с контрреволюционной разведкой партия поручила ему [Берии. —
После заседания Бюро ЦК АКП/б/ Багиров направил Ежову телеграмму следующего содержания: «За недопустимую клеветническую антипартийную болтовню на т.Лаврентия Павловича Берия бюро ЦК АКП/б/ решило объявить выговор зам. нач. АзНКВД Нодеву и постановило просить вас снять его с работы».
Из содержания выступления и телеграмм видно, как заботился Багиров о защите авторитета Берии.
Ну, а что с Нодевым? В 1937 г. он был арестован, необоснованно обвинён в совершении тягчайших преступлений и расстрелян.
Такая же участь постигла и других, посмевших в разное время выступить против Берии и Багирова, либо высказать лишь недовольство их действиями.
В 1921 г. во время чистки партии против Багирова выступил работник АзЧК Шамсов. Берия же, являвшийся заместителем Багирова, защищал своего патрона. В 1921 г. расправиться с Шамсовым не удалось. Это было сделано в 1937 г. По справке, составленной Атакишиевым, Шамсова арестовали. Обвинительное заключение по сфальсифицированному в отношении Шамсова делу утвердил Борщев. Шамсова расстреляли. Борщев же утвердил обвинительное заключение и по делу жены Шамсова.
В том же 1921 г. против Берии во время чистки партии выступил Шахбазов (впоследствии нарком просвещения АзССР). В защиту Берии выступил Багиров. Шахбазов потом тоже был расстрелян.
О том, что Багиров не только держал под постоянным своим контролем деятельность НКВД республики, но и принимал меры к расправе с неугодными ему людьми, свидетельствует такой факт.