Член Центральной Контрольной Комиссии АКП/б/, заведующий кафедрой заочного института при народном комиссариате просвещения Азербайджанской ССР Таги Заде Кудрат Баба оглы возмущался незаконными действиями Багирова, писал жалобы в соответствующие инстанции. Багирову, естественно, об этом стало известно, и 8 апреля 1938 г. Таги Заде арестовали. Багиров писал наркому внутренних дел республики Раеву: «О ходе следствия по данному делу прошу меня информировать, так как я уверен, что этот тип является старым разведчиком». Таким образом, приговор Таги Заде был вынесен. На вопрос, что послужило основанием к аресту Таги Заде, Багиров ответил: «Он очень много писал на меня». Выходит, достаточно было проявить недовольство какими-либо действиями Багирова, чтобы оказаться «старым разведчиком», разумеется, вражеским. А что следовало за этим — известно.
Допрошенный в суде Таги Заде рассказал, как велось следствие по его делу. Поскольку он не признавал себя виновным в совершении особо опасных государственных преступлений, в том числе во вредительстве, его в течение нескольких дней жестоко избивали. Избиения продолжались по 7–8 часов. Он часто терял сознание, мучила жажда, пить не давали. Требовали признать себя виновным, подписать протокол допроса, и тогда дадут напиться. Он сумел перехитрить своих истязателей: попросился в туалет, и там успел напиться из унитаза.
Во время одного из допросов, показал далее Таги Заде, в кабинет следователя зашёл Атакишиев. Узнав, что он не признаёт себя виновным, стал бить его по лицу. Затем зашли пять следователей, и по команде Атакишиева стали жестоко избивать подследственного.
Военным трибуналом Закавказского военного округа Таги Заде был осуждён к лишению свободы сроком на 10 лет, отбыв которые он затем в течение 8 лет находился в ссылке. И таких, как Таги Заде, ох как много было в Советском Союзе.
В ходе судебного разбирательства была выявлена и неблаговидная роль Багирова в оказании активной помощи Берии в сборе данных, компрометировавших Серго Орджоникидзе.
Багиров пояснил в суде, что Берия по отношению к Орджоникидзе вёл себя подло, но он, Багиров, мер к разоблачению такого его поведения не предпринимал, «зная отношение Сталина к Берии». Кроме того, необходимо иметь в виду, что Орджоникидзе был против назначения Багирова секретарём ЦК Компартии Азербайджана. Предложение же о таком назначении исходило от Сталина. Поэтому не приходиться удивляться тому, что у Багирова не было оснований питать дружеские чувства к Орджоникидзе.
Установлено, что бывший председатель Госплана республики A.M. Фарадж-Заде оглы, подвергавшийся после ареста жесточайшим избиениям и назвавший 385 «членов контрреволюционной организации», на допросе 17 октября 1937 г. в числе «членов» этой «организации» назвал и Серго Орджоникидзе. Через два дня, 19 октября 1937 г. Багиров направил Сталину письмо следующего содержания.
«В ЦК ВКП/б/ товарищу Сталину.
Двадцатого августа с/г арестованный член к.-р. националистического центра Гасан Сафаров в своём показании, со слов другого члена азерб. контрреволюционно-националистического центра Фарадж-Заде, в числе других назвал фамилию Серго Орджоникидзе, как знавшего о наличии и работе к. р. троцкистско-националистических формирований в Азербайджане.
Допрошенный 17 октября с/г Фарадж-Заде подтвердил показания Гасана Сафарова. Одновременно Фарадж-Заде, помимо личной своей связи с Серго Орджоникидзе, ссылается на арестованных к. р. националистов Рухуллу Ахундова, Караева Али Гейдара и Буниат-Заде.
Мною поручено допросить по этому поводу Караева и Буниат-Заде, которые сидят в Баку.
Ахундов содержится в Москве при НКВД Союза.
Посылая показания Сафарова и Фарадж-Заде, прошу поручить НКВД Союза допросить по существу их Ахундова.
Приложение: упомянутое: 1. показания Гасана Сафарова;
2. показания Фарадж-Заде.
Секретарь ЦК КП/б/ Азербайджана М.Д. Багиров».
Следовательно, не только Багиров знакомился с выбитыми у арестованных показаниями о «враждебной деятельности» Серго Орджоникидзе, но и «отец народов» внимательно следил за тем как собирались «доказательства» виновности покончившего с собой ещё в феврале 1937 года (а может быть, убитого?) Серго Орджоникидзе, да иначе и быть не могло. Вряд ли у кого-нибудь могут возникнуть сомнения относительно того, что компрометирующие материалы в отношении Орджоникидзе могли собирать вопреки воли Сталина.
Фарадж-Заде приговором Военной коллегии Верховного Суда СССР от 21 апреля 1938 года признан виновным в том, что являлся одним из руководителей контрреволюционной шпионской террористической организации, якобы существовавшей в Баку, и осуждён к расстрелу. Приговор был приведен в исполнение.