После ареста Эфендиеву предъявили обвинение в том, что он являлся «членом центра контрреволюционной националистической организации», созданной Р. Ахундовым.
Как и многих других арестованных, Эфендиева жестоко истязали. Его избивал Мусатов — боксёр, привлечённый для ведения следствия в органах АзНКВД и дослужившийся впоследствии до подполковника. Он избивал арестованных, надев боксёрские перчатки.
Каким цинизмом надо было обладать, чтобы 25 сентября 1937 г. составить акт, подписанный следователем Гвоздевым и по принуждению — Эфендиевым. Вот его текст: «Эфендиев заявляет, что, несмотря на то, что он никогда членом контрреволюционной националистической организации не был, он вынужден будет дать вымышленные показания о своём участии в этой организации, для чего просит дать несколько дней срока». Стоит ли особо комментировать этот акт? В фальсификации дела в отношении Эфендиева участвовал и Григорян. Эфендиев вынужден был оговорить себя.
В судебном заседании Военной коллегии Верховного Суда СССР 21 апреля 1938 г., продолжавшемся всего 15 минут, Эфендиев отказался от своих показаний на предварительном следствии и заявил что оговорил себя в результате жестких избиений, которым он подвергался в ходе следствия. Однако Военная коллегия Верховного Суда СССР признала его виновным в том, что с 1929 г. он являлся одним из создателей и руководителей антисоветской, троцкистской, националистической, диверсионно-террористической организации в Азербайджане; создал ряд вредительских групп и с их помощью проводил вредительскую работу во всех областях народного хозяйства; руководил организацией повстанческих групп для вооружённой борьбы с Советской властью; был агентом разведки одного из иностранных государств и вёл шпионскую работу в пользу этого государства. Эфендиева приговорили к расстрелу. В тот же день этот приговор был приведен в исполнение.
И вот такая деталь. Эфендиева обвинили и в том, что он готовил террористический акт в отношении Багирова. Как пояснил в суде Багиров, если бы Эфендиев действительно хотел его убить, то он мог это сделать в любое время., поскольку их квартиры были расположены рядом, Жертвой сталинщины, верным проводником которой был Багиров, стал и активный участник революционного движения в Закавказье Дадаш Ходжа оглы Буниатзаде. Родился он в 1888 г., с 1908 г. состоял в рядах партии большевиков. В 1918 г. был членом исполкома Совета Бакинского уезда и чрезвычайным уполномоченным по борьбе с контрреволюцией и бандитизмом, членом Бакинского Совета. В 1919 г. — на подпольной работе в Закавказье, член Кавказского краевого комитета РКП/б/. С февраля 1920 г. — член ЦК КП/б/ Азербайджана. В апреле того же года назначается членом Азербайджанского временного революционного комитета и членом Революционного штаба по руководству вооружённым восстанием. С 1928 г. Буниатзаде — председатель СНК Азербайджанской ССР, а в 1932 г. был назначен народным комиссаром земледелия ЗСФСР. Являлся членом ЦИК СССР. Он пользовался большим авторитетом у трудящихся Закавказья, был открытым и доступным для всех руководителем.
Багиров подтвердил в суде, что он «не ладил» с Буниатзаде, вёл против него «интригантскую борьбу».
20 июня 1937 г. Буниатзаде арестовали в Тбилиси и препроводили в Баку.
Следствие по его делу вёл Борщев, являвшийся в то время начальником 3 отдела АзНКВД. Протоколы допросов, в которых Буниатзаде признавал себя виновным в совершении тяжких преступлений, направлялись Багирову, и он читал их.
19 ноября 1937 г. Борщев утвердил постановление о перепредъявлении обвинения Буниатзаде. Вот некоторые выдержки из этого постановления: «Буниатзаде Дадаш, являясь руководителем центра к/р националистической, повстанческой, террористической, диверсионно-вредительской организации, на протяжении ряда лет проводил развернутую вербовочную работу среди руководящих работников АзССР, через коих насаждал повстанческие кадры в районах Азербайджана; принимал непосредственное участие в организации намечавшихся терактов против руководителей партии и правительства;, проводил активную вредительскую подрывную работу по сельскому хозяйству Азербайджана; входил в состав центра к/р организации правых в Азербайджане; поддерживал шпионскую связь с иноразведками». Обвинение, как видим, стандартное, страшное, однако не подтверждённое объективными доказательствами.
Борщев пять раз непосредственно участвовал в допросах Буниатзаде. На процессе он подтвердил, что показания о враждебной деятельности от Буниатзаде были получены в результате его жестокого избиения. Установлено, что Борщев избивал Буниатзаде и руками, и резиновой дубинкой. До того, как Буниатзаде признал себя виновным, его в течение трёх дней нещадно избивали. В фальсификации дела по обвинению Буниатзаде также участвовал Григорян.
Багирова постоянно информировали о ходе следствия по делу Буниатзаде.