В один из дней 1937 г. на даче Косарева во время ужина хозяин в присутствии Багирова произнёс тост: «За настоящее партийное руководство в Закавказье, которого сейчас там нет». Багиров промолчал. Спустя некоторое время, как показала в суде М.В. Нанейшвили — жена Косарева и дочь известного революционера В.И. Нанейшвили, Косарев узнал, что Багиров сообщил Берии об этом тосте. Берия, который в то время был первым секретарём ЦК Компартии Грузии, высказал неудовольствие тем, что Косарев не считает его настоящим партийным руководителем. После перевода Берии в Москву он 28 ноября 1938 г. вместе с другими работниками НКВД СССР явился на квартиру к Косареву, арестовал его и его жену. 28 ноября 1938 г. был арестован и В.И. Нанейшвили. Ещё раньше был арестован, и 3 июня 1937 г. осужден Военной коллегией Верховного Суда СССР секретарь Копольского райкома КП/б/ Белоруссии П.В. Нанейшвили (сын В.И. Нанейшвили) к 10 годам тюремного заключения за то, что он якобы являлся участником контрреволюционной троцкистско-зиновьевской террористической организации, а в 1929 г. в Москве создал террористическую группу для совершения террористических актов в отношении руководителей ВКН/б/ и Советского правительства.
На первом допросе 28 ноября 1938 г. и на очных ставках с теми, кто его «изобличал» во враждебной деятельности, Косарев не признавал себя виновным.
Как показал на допросе 28 июля 1954 г. Шварцман, участвовавший под руководством Берии в расследовании дела Косарева, Берия, узнав, что Косарев не признаёт себя виновным, приказал добиться его признания путём пыток и избиений, Косарева стали жестоко избивать. Он вынужден был признать себя виновным в том, что никогда не свершал. Таких «признаний» от Косарева добились 8 декабря 1938 г.
Дело Косарева было рассмотрено Военной коллегией Верховного Суда СССР 22 февраля 1939 года. Косарев был признан виновным в том, что являлся руководителем право-троцкистской организации в комсомоле, вёл подрывную работу по развалу комсомольских организаций, установил связь с лидером фашистской молодёжной организации Артуром Беккером и проводил работу, направленную к поражению СССР в войне с фашистскими странами, сотрудничал с немецкой разведкой, передавая ей шпионские сведения, подготавливал террористические акты в отношении руководителей партии и правительства.
Как видим, обвинение Косарева стандартно. Следует лишь указать на то, что Артур Беккер, который, как показывал Косарев, в 1935 г. завербовал его для шпионской работы, член Компартии Германии с 1921 г., бывший секретарь ЦК КСМ Германии. В 1937 г, выехал из Франции в Испанию, участвовал в народно-освободительной войне, а в апреле 1938 г. захвачен в плен франкистами и умер в результате пыток.
Косарев был приговорён к расстрелу. Приговор был приведен в исполнение 23 февраля 1939 г.
Разумеется, уничтожение Косарева «заслуга» не только Берии. К этой акции приложили руки также Сталин и его ближайшие соратники[21]
.Вскоре, 14 мая 1939 г., той же Военной коллегией Верховного Суда СССР была осуждена жена Косарева — М.В. Нанейшвили. Приговор оказался более «либеральным» — она была лишена свободы сроком на 10 лет. Её признали виновной в связи «с участниками антисоветской террористической организации, была в курсе их контрреволюционной деятельности», знала о «предательской деятельности Косарева, с которым неоднократно участвовала на сборищах, участников право-троцкистской контрреволюционной организации […] где в её присутствии велись контрреволюционные предательские разговоры, направленные против руководства ВКП/б/ и Советского правительства».
Как и многие, М.В. Нанейшвили была арестована без санкции прокурора. После ареста её в течение двух месяцев не допрашивали. Следствие было закончено по обвинению её в совершении преступления, предусмотренного ст. 58–11 УК РСФСР (участие в контрреволюционной организации). Однако в обвинительном заключении указывалось, что М.В. Нанейшвили совершила преступлений, предусмотренные ст. ст.58–10 (проведение антисоветской агитации) и 58–11 УК РСФСР. При утверждении же обвинительного заключения ст.58–10 УК РСФСР заменена ст. ст.17 и 58–8 УК РСФСР, то есть ей уже вменялось в вину подстрекательство к совершению террористических актов.
Здесь ярко продемонстрировано сверхпренебрежительное отношение к соблюдению требовании закона, согласно которым вменять в вину совершение более тяжкого преступления нельзя без его предъявления в ходе предварительного следствия и проведения соответствующего расследования.
После того, как М.В. Нанейшвили отбыла наказание, назначенное ей по приговору Военной, коллегии Верховного Суда СССР, решением Особого совещания при МГБ СССР от 9 марта 1949 г. она была направлена в бессрочную ссылку. Её дочь — Е.А. Косарева по достижении ею восемнадцатилетнего возраста в 1949 г. была сослана в г. Норильск.