Жестоко было подавлено восстание крестьян в Тамбовской губернии во главе с эсером А. С. Антоновым. Против восставших применялось химическое оружие. По предложению командующего операцией М. Н. Тухачевского были организованы концентрационные лагеря, огороженные колючей проволокой. В них были помещены семьи участников восстания. В том случае, если «антоновцы» не выходили из лесов в течение трех недель, семьи отправлялись в Сибирь. Тухачевский описал этот метод репрессий в журнале «Война и революция» в 1926 году. Разгром и уничтожение восставших моряков в Кронштадте было также осуществлено под руководством М. Н. Тухачевского.
Жестокие меры, а то и откровенный произвол новых властей вызывали возмущение народных масс, опора на которых была основой прочности Советского государства. «Нельзя скрывать на съезде того факта, что местами слово „комиссар“ стало бранным, ненавистным словом. Человек в кожаной куртке… в народе стал ненавистным, — утверждал Г. Е. Зиновьев». Посетив Восточный фронт в ходе инспекционной поездки в начале 1919 года, И. В. Сталин и Ф. Э. Дзержинский писали, что «слово „комиссар“ превратилось в ругательную кличку». «Крестьянство недовольно, оно протестует, среднее крестьянство ненавидит Коммунистическую партию… Если вы теперь пойдете в деревню, вы увидите, что они всеми силами нас ненавидят… Если сейчас ничего серьезного из этого факта не проистекает, то только потому, что нет силы, которая организовала бы их», — заявлял В. В. Кураев.
То обстоятельство, что большевики победили своих врагов в ходе Гражданской войны, не избавило их от тех недостатков, которые были характерны для многих из них: максимализм в суждениях и решениях, склонность погрязать во внутренних распрях и навязывать категоричные суждения несогласным с ними. Даже после успешного завершения Гражданской войны большевики могли потерпеть крах, если бы не способность немногих советских руководителей во главе с В. И. Лениным реалистично оценивать быстро менявшуюся обстановку и быстро реагировать на острые ситуации.
Заявив, что «насилие по отношению к среднему крестьянству представляет из себя величайший вред», Ленин и его сторонники добились решительного изменения политики по отношению к среднему крестьянству на VIII съезде партии. Еще более радикальный поворот, связанный с провозглашением «новой экономической политики» и отказом от политики «военного коммунизма», был осуществлен Лениным на X съезде РКП(б) в начале 1921 года. Одновременно Ленин выступал за принятие самых суровых мер по отношению к тем, кто допускал произвол и беззакония. Он предупреждал об опасности тех, кто поспешил вступить в партию после 1917 года. Ленин писал: «„Новичкам“ в нашей партии мы не даем ходу. Съезд назначил даже особую перерегистрацию. Пойманных бандитов, рвачей, авантюристов мы расстреливаем и расстреливать будем».
Хотя в условиях нэпа случаи коррупции среди членов партии участились, РКП(б) проявила способность к очищению своих рядов. В масштабах всей партии или ее отдельных организаций осуществлялись «чистки». Так, только в ходе «вторичной чистки» в Компартии Грузии из ее состава было исключено около 30 % членов партии. Несмотря на «генеральную чистку» 1921 года и «новую чистку» 1922–1923 годов, в ходе которой в Туркестане из 30 тыс. членов партии было оставлено 16 тыс. членов, а в Бухаре из 14 тыс. — 1 тысяча, положение в этом регионе было признано «неблагополучным».
«Чистки» выявляли наличие в партии людей, глубоко чуждых принципам коммунистической идеологии и задачам борьбы за интересы трудящихся. Чтобы ослабить влияние «классово чуждой» идеологии, ЦК принимал меры для усиления связей партии с рабочим классом. На пленуме ЦК РКП(б) (29–31 января 1924), состоявшемся вскоре после смерти Ленина, было принято постановление «О приеме рабочих от станка в партию». Массовый прием рабочих в партию 1924 года был назван «ленинским призывом». За пять месяцев в партию было принято более 240 тысяч человек. Среди них рабочие составили 92,4 %. В результате доля рабочих в РКП(б) увеличилась в 2 раза.