Залповая стрельба из всех орудий влияния на работу двигателей не оказывала, как и прежде, до высоты 7000 метров. Этого не происходило и на номинальных режимах работы двигателей при скорости полета свыше 320 км/ч по прибору на высотах более 11 600 метров.
Залповая стрельба только из пушек НС-23 при одновременной даче газа с 8500 до 9500 оборотов в минуту на высотах до 10 700 метров и скоростях по прибору свыше 330 км/ч, а также из всех пушек с одновременной уборкой оборотов двигателей с 9500 до 8500 на высотах 8220 и 9700 метров при скоростях 462–430 км/ч (по прибору) влияния на работу двигателей не оказывала.
Что касается «бабочки», то она обладала малой живучестью и после 813 выстрелов разрушалась, что делало дальнейший полет опасным. Более того, глушитель снижал запас путевой устойчивости самолета, проявлявшийся в виде рыскания, и после трех-пяти выстрелов, особенно на большой высоте, приводил к сильным колебаниям самолета.
В итоге военные вынесли вердикт: самолет государственные испытания на отстрел оружия не выдержал.
При разработке новых модификаций самолета продолжались поиски путей устранения влияния пороховых газов на работу двигателей. На самолете И-302 («ФП») центральную пушку перенесли на левый борт фюзеляжа. Все три орудия при этом снабдили глушителями, но эффекта это не дало. Проблема же борьбы с помпажными явлениями, связанными с попаданием пороховых газов, а впоследствии и ракет, в двигатели, остается актуальной и сегодня.
На первомайском параде 1947 года тысячи москвичей и гостей столицы смогли увидеть полет целого подразделения реактивных первенцев, а спустя два месяца в ВВС началась их эксплуатация.
Спустя пять дней после парада первый серийный МиГ-9 (заводской № 106001) передали в НИИ ВВС для испытаний на прочность и определение пилотажных возможностей. Ведущими по машине были инженер И. Г. Рабкин и летчик-испытатель П. М. Стефановский. Самолет облетали Ю. А. Антипов, А. Г. Кочетков, Л. М. Кувшинов, Д. Г. Пикуленко и А. Г. Прошаков. Однако испытания начались лишь 2 июня. Причинами тому стали пожар правого двигателя РД-20, случившийся 12 мая, и задержка с поставкой кондиционного ТРД.
Так как большая часть фигур высшего пилотажа на заводских испытаниях не проверялась, то военными испытателями в ходе испытаний было выполнено 200 фигур высшего пилотажа, показавших заметное ухудшение маневренных характеристик не только по сравнению с поршневыми самолетами, но и Як-15. Так, время и радиус виража на высоте 1000 метров составили 30,5 секунды и 655–685 метров соответственно, а на 5000 метрах — 39 секунд и 970–1040 метров.
При этом из-за ограничений по флаттеру, наложенных ЦАГИ, скорость не должна была превышать 950 км/ч, вдобавок главный конструктор ограничил и число М, которое не должно было превышать 0,8 от скорости звука.